Rdkit学习-No.5-使用SMARTS根据已有的化学反应生成

材料：

Ipython qtconsole
python35

化学反应：

羧>酸基团与氮的反应(随意定义仅供参考)

步骤:

(1)导入python的rdkit模块
(2)根据SMARTS定义一个化学反应
(3)输入化学分子进行反应

代码：

import rdkit
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.AllChem import  ReactionFromSmarts

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[C:1](=[O:2])-[OD1].[N:3]>>[C:1](=[O:2])[N:3]')
#定义一个反应，采用SMARTS格式
#解释这个SMARTS，第一个反应物限制：[C:1](=[O:2])-[OD1]，羧基，侧链为(=[O:2])，O双键与C相连，第二个反应物限制：[N:3]，基团带N原子
Draw.ReactionToImage(rxn)
#画出反应式

反应

pr = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O'),Chem.MolFromSmiles('NC')))
#两个反应物按照定义好的rxn进行反应
type(pr)
#pr按照元组格式进行存储
len(pr)
#查看产物个数，只有一个产物生成
Chem.MolToSmiles(pr[0][0])
#产物转化为SMILES格式，CNC(C)=O
Draw.MolToImage(pr[0][0])
#显示产物

不正确产物

#明显看到N原子的价键不正确
Chem.SanitizeMol(pr[0][0])
#标准化其价建
Draw.MolToImage(pr[0][0])
#再次查看,完全规范

规范产物