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Rdkit学习-No.3-SMARTS

Rdkit学习-No.3-SMARTS

作者: ZeroDesigner | 来源:发表于2019-05-04 19:49 被阅读0次

SMARTS

1:简介:

是一种用来描述分子模式以及属性的语言
是SMILES规则的简单扩展
可以在不同的尺度上描述特异性和通用性的结构特征

2:用途

可以用来进行分子亚结构的搜索
也可以用来表征化学反应

3:案例

SMARTS 提供了许多原始符号, 描述的原子特性超出了 SMILES 中使用的特>性 (原子符号、电荷和同位素规格)。
(1):按照元素的基团表示
C H N O P S X
(2):原子


Atom

(3):键
各种键符号可用于表现原子之间的连接。


Bond
(4):逻辑操作
原子和键可以通过使用逻辑运算符组合形成表达式。
下表中, e 是原子或键SMARTS表达式 。
逻辑运算符按优先级递减的顺序列出 (首先计算高优先级运算符)。
逻辑操作符
Example

(5):化学反应SMARTS
化学反应的搜索也可以使用SMARTS来进行表达。
表达式由反应物,试剂,以及产物构成。中间使用'>'进行分割。
如果一个分子的SMARTS格式匹配了表达式中的任意一个地方,那么就拿到了一个Hits(Answer)。


匹配

4:总结

所有的 SMILES 表达式也是有效的 SMARTS 表达式, 但语义会发生变化, 因为 SMILES 描述分子, 而 SMARTS 描述的是模式。由 SMILES 字符串表示的分子在用作 SMARTS 时通常 (但不总是) 由相同的字符串匹配。

5:官方网站

http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html

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