喜大普奔~「Primer Check」和「e-GelImage」

写在前面

Emmm，近期释放了一个功能，叫做「e-GalImage」，主要作用就是模拟电泳图。事实上，我觉得效果和用处还是不小的。

有人提出，是否可以让「Primer Check」和「e-GelImage」结合一下。这个当然可以，毕竟这个想法，我早就有了。只是路要一步一步走，事情要一件一件做。

Primer Check

检测引物的特异性，是做大多数 PCR 实验的第一步，如荧光定量 - qPCR等。当我们有这个物种所有转录本的序列时，我们完全可以通过电子模拟 PCR 的方式，判断引物是否特异。
为了达到批量做 Primer Check 并方便解读，我做了两个调整：

1. 调整原有的 Primer Check 文本输出为 表格形式，方便在 Excel 里面筛选
2. 结合了 「e-GelImage」功能，从而可以让用户得到预期的电泳图像样式

使用和结果如下。
首先，对于 Primer Design 的引物序列，可以使用「Fasta to Table」转换为 Fasta 格式

得到的 Fasta 格式序列，直接用于 Primer Check。

逻辑上如果不是几千对引物，那么很快就会有结果。

对应的，有系列电泳图

题外

更或者，我们前述提及的 SSR 鉴定并设计批量引物，那么就有这么一个需求，引物在当前材料里面最好是特异扩增单一条带（注意到，逻辑上目前大多数参考基因组序列只有一个单倍型，所以一个位点只有一个状态）。于是我还做了另外一个事情，也就是对 Primer Check 的逻辑做了优化，使得速度有一定的提升。基于拟南芥基因组序列上鉴定出来的所有 SSR 位点，直接用 「Batch Target Region Primer Design」设计引物。得到的大概 1w 对引物。进一步直接用「Primer Check」筛选特异性....

整体上还是花了有 1~2个小时的，得到下述文件。

可以看到，事实上，还是有不少引物其实并不特异。那么当然就不选这些引物去做分子标记开发。
逻辑上，我们完全可以先简单筛选一些 SSR 位点，选择相对长度较长的（发生Indel）的可能性会更大，只对这些引物进行检测，那么速度快，效果也估计最好。

写在最后

当然，更有趣的事情，还在后面。我想，有不少人自然都猜得到。