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喜大普奔~「Primer Check」和「e-GelImage」

喜大普奔~「Primer Check」和「e-GelImage」

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-04-27 22:19 被阅读0次

写在前面

Emmm,近期释放了一个功能,叫做「e-GalImage」,主要作用就是模拟电泳图。事实上,我觉得效果和用处还是不小的。



有人提出,是否可以让「Primer Check」和「e-GelImage」结合一下。这个当然可以,毕竟这个想法,我早就有了。只是路要一步一步走,事情要一件一件做。

Primer Check

检测引物的特异性,是做大多数 PCR 实验的第一步,如荧光定量 - qPCR等。当我们有这个物种所有转录本的序列时,我们完全可以通过电子模拟 PCR 的方式,判断引物是否特异。
为了达到批量做 Primer Check 并方便解读,我做了两个调整:

  1. 调整原有的 Primer Check 文本输出为 表格形式,方便在 Excel 里面筛选
  2. 结合了 「e-GelImage」功能,从而可以让用户得到预期的电泳图像样式

使用和结果如下。
首先,对于 Primer Design 的引物序列,可以使用「Fasta to Table」转换为 Fasta 格式



得到的 Fasta 格式序列,直接用于 Primer Check。



逻辑上如果不是几千对引物,那么很快就会有结果。

对应的,有系列电泳图


题外

更或者,我们前述提及的 SSR 鉴定并设计批量引物,那么就有这么一个需求,引物在当前材料里面最好是特异扩增单一条带(注意到,逻辑上目前大多数参考基因组序列只有一个单倍型,所以一个位点只有一个状态)。于是我还做了另外一个事情,也就是对 Primer Check 的逻辑做了优化,使得速度有一定的提升。基于拟南芥基因组序列上鉴定出来的所有 SSR 位点,直接用 「Batch Target Region Primer Design」设计引物。得到的大概 1w 对引物。进一步直接用「Primer Check」筛选特异性....



整体上还是花了有 1~2个小时的,得到下述文件。



可以看到,事实上,还是有不少引物其实并不特异。那么当然就不选这些引物去做分子标记开发。
逻辑上,我们完全可以先简单筛选一些 SSR 位点,选择相对长度较长的(发生Indel)的可能性会更大,只对这些引物进行检测,那么速度快,效果也估计最好。

写在最后

当然,更有趣的事情,还在后面。我想,有不少人自然都猜得到。

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