相同点：

1. 都是B+树的底层实现。

2. WHERE条件都符合索引最左匹配原则。

不同点：

1. MyISAM的存储文件有三个，frm、MYD、MYI 文件；InnoDB的存储文件就两个，frm、ibd文件。总文件大小InnoDB引擎占用空间更小。

2. InnoDB的存储文件本身就是索引构成，建立新索引的时间比MyISAM快。

3. MyISAM比InnoDB查询速度快，插入速度也快。

4. 主键区间查询，InnoDB查询更快。字符串区间查询，MyISAM相对更快。

5. 有A、AB、ABC索引的情况下，A OR B 查询，InnoDB查询性能比MyISAM慢。不建议使用OR 条件进行查询。

6. InnoDB表没有命中到 A、B、C 索引最左原则时，BC组合查询命中了索引，但还是完全扫描，比全表扫描快些。MyISAM是全表扫描。

软件层面的优化一是合理加索引；二是优化执行慢的sql。
此二者相辅相成，缺一不可，如果加了索引，还是查询很慢，这时候就要考虑是sql的问题了，优化sql。
实际生产中的sql往往比较复杂，如果数据量过了百万，加了索引后效果还是不理想，使用集群、垂直或水平拆分。