R-做GSEA

作者: 晓颖_9b6f | 来源:发表于2021-01-30 09:19 被阅读0次

R-做GSEA
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GSEA分析
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先在GSEA下载R的包。
代码如下

install.packages("devtools")
devtools::install_local("GSEA_R-master.zip")

library(GSEA)

??GSEA::GSEA

GSEA::GSEA("Genderf_hgu133a.gct",
           "Gender.cls",
           input.chip = "NOCHIP",
           gs.db = "msigdb.v7.2.symbols.gmt",
           output.directory = getwd(),
           doc.string ="gsea_result",
           reshuffling.type = "sample.labels",
           nperm = 1000,
           weighted.score.type = 1 )

input：

image.png

昨天到现在，几乎跑了一整天，但是还是没有跑出结果。
不知道是哪里出了问题？

R-做GSEA
先在GSEA下载R的包。代码如下 input：昨天到现在，几乎跑了一整天，但是还是没有跑出结果。不知道是哪里出了问题？
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