作者，追风少年i
周一了，躺平了半年，说实话，躺平感觉是真的不错，😄，不过大家不要学我，人人都躺平，那就真的没啥希望了。
今天继续分享关于10X空间转录组的分析内容，我们来深入思考一下关于空间转录组的质控分析内容，单细胞而言，质控涉及到具体的指标包括线粒体、红细胞、双细胞、还有一些基因和UMI的相关性分析，去除异常值，等等等等，具体的大家可以参考我之前的文章10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事，今天我们要讨论一下关于空间转录组的质控分析。
第一个，fraction of hemoglobin genes
这个视情况而定，一般我们做空间转录组不可避免的包括了血管的组织，甚至于取样的时候样本处理等等因素，导致了红细胞的污染，一般来讲不会影响下游分析，但是为了排除这些spot对于真实组织部位聚类的干扰，有时候会去除这些spot，红细胞基因的挑选方法是(’^Hb[ab]-’)，阈值通常取1%。
第二个，fraction of mitochondrial genes
在单细胞分析中，线粒体高的细胞代表细胞质量差，但是空间spot线粒体基因比例高，分为两种情况，一种是局部能量消耗比较多，这种情况代表组织真实的生物学状态；另外一种就是局部细胞坏死，这种情况就需要去除。怎么判定？？很简单，HE染色切片直接就可以看出来。不懂的童靴可以了解一下HE染色切片的原理。
第三个，对过低基因/UMI表达的spot的去除
这种情况其实是为了去除没有细胞覆盖的spot，Spots with total UMI count of under four standard deviations from UMI count mean across all spots, calculated for each slide individually, were further filtered out。
第四个，边界spot，如下图
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圈出来的spot明显是组织边界，spot内部并不包含完整的信息，这个时候怎么办？？
spots localized at the outer layers of the tissue, manually annotated as spots distanced up to 2 spots from tissue edges, were removed from analysis（当然这个选择距离一个spot的距离也可以），为的就是体现真正的信息，尤其在单细胞空间联合分析的时候，这种spot会产生极大的干扰。
空间的纤维化特征
这部分其实就是组织结构分析，组织纤维化的作用一方面是为了构建组织结构，保持一定的硬度，另一方面组织纤维化是为了引导细胞的移动，是组织有序性的一个体现。the fibrogenic signature of each spot was calculated by the fraction of the collagen genes (‘^Col[1-9]’) in each spot。
组织界面分析
无论是肿瘤还是正常组织都会存在界面，这个界面起到了“开关”的作用，界面的两边无论是细胞组成、基因表达还是通路都会发生明显的变化，谁在开关处起到了关键的作用，正是空间组织分析的一个研究重点。
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好了，已经分享给大家了，生活很好，有你更好，百度文库出现了大量抄袭我的文章，对此我深表无奈，我写的文章，别人挂上去赚钱，抄袭可耻，挂到百度文库的人更可耻
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