富集分析是组学研究中绕不开的，常见的有GO、KEGG、GSEA等。GO、KEGG分析是基于差异基因的，也就是人为设定阈值，选定基因去做富集分析，其实这有很大的主观性，GO、KEGG分析及可视化我们之前讲过，可参考（转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图）。
GSEA则避免了这种主观性，是基于所有的基因进行分析的，将基因按照变化倍数从大到小排列，评估基因分布趋势，及其对表型的贡献。
GSEA分析一般使用GSEA官网：
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp
提供的GSEA软件：
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
但是根据我自己的体验，GSEA软件分析还是比较麻烦的，主要是下载软件、安装、还要将数据做成软件需要的格式，很繁琐。而且，图片也不是矢量图，达不到发文的要求，还不如直接差异基因分析完之后使用R语言做GSEA分析，进行可视化。
image.png
多的原理就不再介绍了，这里我们介绍两种方法进行GSEA分析（需要的数据是差异分析结果），也会对结果参数解读，进行可视化。
当然了，这是一篇长文，不仅是解决GSEA，也涉及在作图、参数调整、拼图上的方法技巧，只要你认真看，总能有其他的收获！
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