探序基因肿瘤研究院 整理
操作系统：
可以用centos8，可以去centos官网下载，https://www.centos.org/download/，也可以到各个镜像源下载。制作成U盘的安装盘，修改服务器启动模式成UEFI，用U盘引导启动然后安装。
R语言和Rstudio：
R语言安装源代码：https://cran.r-project.org/sources.html
Rstduio：
参考：
基因组与转录组：
bwa: https://github.com/lh3/bwa
samtools: 操作系统先安装又zlib库，然后安装htslib库(HTSlib: C library for reading/writing high-throughput sequencing data)，git clone https://github.com/samtools/htslib.git，进入htslib目录后，autoreconf -i，./configure，如果中途有报错，还要git submodule update --init --recursive。最后，make，make install。
samtools的网址：https://github.com/samtools/samtools
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
按流程安装即可。
picard: https://github.com/broadinstitute/picard
下载github代码或者源代码压缩包后，按流程安装。也可以在https://github.com/broadinstitute/picard/releases 下载历次各个版本的jar包使用。下载jar包后使用，有可能出现： A JNI error has occurred, please check your installation and try again报错，参考文章-centos环境中java升级
bedtools：https://github.com/arq5x/bedtools2
下载解压缩后，进入目录，make, make install
GATK：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/
单细胞：
待整理
参考基因组：
待整理
人参考基因组用于基因组比对：
人参考基因组用于转录组比对：
人参考基因组用于单细胞转录组比对：
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