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单细胞CNV分析——inferCNV 结果再挖

单细胞CNV分析——inferCNV 结果再挖

作者: 麻花拧巴 | 来源:发表于2021-02-26 16:04 被阅读0次

    计算每个细胞的CNV score或者判断每个细胞是否是癌细胞

    文献《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma》

    文献中的结果


    image.png

    一、文献中的方法

    image.png

    文件:run.final.infercnv_obj;

    infercnv_obj = readRDS("run.final.infercnv_obj")
    expr.data = infercnv_obj@expr.data
    

    将expr.data 进行scale到[-1,1];
    最后计算每个细胞的平方和。(代码待补充)

    二、软件作者提供的方法

    文件:17_HMM_predHMMi6.hmm_mode-samples.infercnv_obj;

    HMM = readRDS("17_HMM_predHMMi6.hmm_mode-samples.infercnv_obj")
    expr.data = HMM@expr.data
    

    该expr.data不是连续值,而是对每个细胞,每个基因位置的CNV状态。

    State 1: 0x: complete loss
    State 2: 0.5x: loss of one copy
    State 3: 1x: neutral
    State 4: 1.5x: addition of one copy
    State 5: 2x: addition of two copies
    State 6: 3x: essentially a placeholder for >2x copies but modeled as 3x.
    

    如果计算每个细胞的level,需要(state -3)/2。(注意如果有state 6 ,需要将state6 改为state 5)
    方法来源 inferCNV wiki

    https://github.com/broadinstitute/infercnv
    

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