药物设计——虚拟筛选小分子化合物库

基于分子指纹挑选差异较大的分子

药物虚拟筛选中关键步骤挑选分子，比如筛选获得前1000个分子， 由于成本、时间等因素你想挑选100个分子进行活性测试， 如果你直接挑选前100个分子进行测试，命中率可能会降低。 一般流程是对1000个分子进行聚类，然后每一类里面挑选一个分子（或者中心分子）， 这样可以提高分子骨架的多样性，从而提供虚拟筛选的成功率。

原文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/107013965

ms = [x for x in Chem.SDMolSupplier(

    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/2d.sdf')]

while ms.count(None):

    ms.remove(None)

fps = [AllChem.GetMorganFingerprint(x, 3) for x in ms]

def distij(i, j, fps=fps):

    return 1 - DataStructs.DiceSimilarity(fps[i], fps[j])

picker = MaxMinPicker()

pickIndices = picker.LazyPick(distij, nfps, 10, seed=23)

picks = [ms[x] for x in pickIndices]

print(picks)