群体结构分析
在一个大群体中，不同的个体之间群体结构是存在差异的，换句话说就是不同个体的遗传物质来自不同的祖先。
一种颜色代表一种群体结构，来自同一个祖先。
其中有些个体包含了不同祖先的遗传物质。
是杂交或者基因交流造成。
系统发生树分析
通过Mega或phylip等进化树分析软件，基因单体型多态性snp进行聚类分析，得到系统发生树。相同地域，相同亚种或者相同表型的样品更容易聚到一起，可以解释物种起源进化等问题。
全基因组关联分析
- 概念
以长期重组后保留下来的基因（位点）间连锁不平衡（LD）为基础，在获得群体表型数据与基因型数据后，采用统计方法检测遗传多态性与性状可遗传变异之间的关联，目标即是找寻可能引发性状变异的基因组功能型变异（基因位点或标记位点）。 - 优点：
1.不需要构建特殊的群体
2.可同时对多个性状进行分析
3.自然群体经历了许多轮重组后，LD衰减，存在于很短的距离内，保证了定位的更高精确性
研究单体型的意义
单体型并不能完全直接确定与疾病相关的基因，而是通过确定单体型，使单体型图成为用于进行关联研究的一个工具。
在关联研究中，研究人员将患者(性状A)的单体型与健康人（对照性状B）的单体型相比较。如果与对照相比，某一种单体型在患者中经常出现，影响该疾病的基因可能就存在于这个单体型内部或附近。
通过连锁区域的确定，从而确定世世代代的遗传病相关区域或者基因。
把仅仅能单个SNP位点的关联分析，扩大到一个区域，从而缩小了分析目标—分析工作量大大减少。
能够找到多位点遗传的相关性状等。
能够给遗传进化提供一定的理论依据。
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