[R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图误差线标记]

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图误差线标记]

--

本期内容是一位童鞋咨询的，虽然是很简单的，他的原话说，一般的柱状图时可以注释上误差线，但是“簇状图”就不会了。那么我们这期就来搞一下。都是使用以前的码就可以实现。

是小杜好友的可以直接和小杜索要源代码和实例数据，我希望的是：交流（Communication）！！

## 2022.10.27
## 柱状图添误差线
##----小杜的生信笔记
## "簇生柱状图“ ？？？？ 

## -------------------------

## 导入相关的包
library(ggplot2)

## 导入数据
setwd("E:\\小杜的生信筆記\\20221027_柱状图添加误差线")
df <- read.table("inut.data.txt", header = T)
head(df)

## 绘制基础柱状图
ggplot(df, aes(x = Gene, y = Exp, fill = factor(Time)))+
  geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")

#factor()用于将数据从连续型转为离散型（或者称为“因子型”、“分类变量”）;
#"dodge"使组内的柱子“肩并肩”显示；

##----------------------------------------
#    美化图形+添加误差线
ggplot(df, aes(x = Gene, y = Exp, fill = factor(Time)))+
  geom_bar(position = position_dodge(0.8), ## position_dodge()增加柱子间隙
           width = 0.7,                    ## width参数可更改柱子宽度
           stat = "identity")+
  ## 添加误差线
  geom_errorbar(aes(ymin=Exp-SE, ymax=Exp+SE),
                position=position_dodge(0.8), ## 与上一步的position_dodge()参数一致，误差线则居中
                width = 0.5,                    ## 宽度
                colour = "black", size = 0.7)   

### 美化
ggplot(df, aes(x= Gene, y = Exp, fill = factor(Time)))+
  geom_bar(position = position_dodge(0.8),
           width = 0.7, stat = "identity")+
  geom_errorbar(aes(ymin = Exp-SE, ymax = Exp+SE),
                position = position_dodge(0.8), width = 0.5, colour = "black", size = 0.7)+
  ## 下面的参数可以自己更改
  theme_classic()+
  # theme_bw()+
  scale_fill_brewer(palette = "Accent")+
  labs(fill = "Time(h)",x = "", y = "Expression level")+
  theme(text = element_text(size=12))+
  ## 更改横纵坐标轴中的字体颜色、大小
  theme(axis.text.x = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12))

### -----------
## 前面忘记添加标记差异性了
ggplot(df, aes(x= Gene, y = Exp, fill = factor(Time)))+
  geom_bar(position = position_dodge(0.8),
           width = 0.7, stat = "identity")+
  geom_errorbar(aes(ymin = Exp-SE, ymax = Exp+SE),
                position = position_dodge(0.8), width = 0.5, colour = "black", size = 0.7)+
  ## 添加显著标记
  geom_text(aes(y = Exp+SE+0.4, label = maker), size = 6,
            position = position_dodge(0.8))+
  ## 下面的参数可以自己更改
  theme_classic()+
  # theme_bw()+
  scale_fill_brewer(palette = "Accent")+
  labs(fill = "Time(h)",x = "", y = "Expression level")+
  theme(text = element_text(size=12))+
  ## 更改横纵坐标轴中的字体颜色、大小
  theme(axis.text.x = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12))

ggsave("柱状图03.pdf",height = 8, width = 12)