减轻重特大疾病患者高额医疗费用的负担问题，在我国现阶段的制度设计上，主要通过以三重制度保障为主的多层次医疗保障来解决。许多人搞不清楚重特大疾病医疗保障体系与多层次医疗保障体系的区别与联系，甚至将两者混为一谈，互为彼此，这种情况显然不利于相关工作的开展。因此，有必要对两者的关系进行一番辨析。
一、两者的目标定位不同
按照国务院办公厅在《关于健全重特大疾病保险和救助制度的意见》（国办发〔2021〕42号）中的表述，建立重特大疾病医疗保障体系的目标定位是“聚焦减轻困难群众重特大疾病医疗费用负担，建立防范因病致贫返贫长效机制，强化基本医疗保险、大病保险、医疗救助（统称三重制度）综合保障……促进三重制度综合保障与慈善救助、商业健康保险等协同发展、有效衔接，构建政府主导、多方参与的多层次医疗保障体系”。它主要着眼于减轻困难群众的重特大疾病医疗费用负担，并通过以三重制度综合保障为主的多层次的医疗保障来实现。
而建立多层次医疗保障体系的目标定位，中共中央国务院在《关于深化医疗保障制度改革的意见》中明确规定为“强化基本医疗保险、大病保险与医疗救助三重保障功能，促进各类医疗保障互补衔接，提高重特大疾病和多元医疗需求保障水平”。也就是说，构建多层次医疗保障体系除了提高对于重特大疾病的保障水平外，另一个重要目标则是为了更好地满足人民群众个性化、多样化的医疗保障需求。
二、政府主导的力度不同
重特大疾病医疗保障具有明显的政府行政主导的特征。如：分类健全因病致贫和因病返贫双预警机制，及时精准识别并确定救助对象；对医疗费用负担较重的困难职工和城乡居民，根据救助对象类别实施分类救助；加强部门间信息共享和核查比对，协同做好风险研判和处置；加强对监测人群的动态管理，符合条件的及时纳入救助范围。如此等等，更多地体现的是行政主导和政府的主动作为。
而在多层次医保体系中其他三重制度之外的医疗保障，特别是商业健康保险，政府在其中的作用更多体现为政策引导，强调的是发挥市场和社会的作用。如：商业健康保险，强调的是，强化政府的制度建设、政策规划和市场监管等职责，通过财税、产业等政策引导，发挥市场在资源配置中的决定性作用，鼓励商业保险机构不断增加健康保障供给，提高服务质量和效率。
三、具体的待遇标准不同
在具体的实施路径上，重特大疾病医疗保障的目标人群主要是困难群众，因此首先是确保困难群众具有享受基本医疗保险的待遇资格，对个人缴费确有困难的群众实行分类资助参保政策，全额资助特困人员，定额资助低保对象、返贫致贫人口，确保困难群众应保尽保。
其次则是在基本医疗保障待遇上给予适度倾斜。大病保险待遇方面，明确要求增强大病保险减负功能，探索完善大病保险对低保对象、特困人员和返贫人口的倾斜支付政策。主要政策有：对贫困人口执行大病保险起付线降低50%、支付比例提高5个百分点的倾斜政策，并全面取消建档立卡贫困人口封顶线。
医疗救助方面，规定将基本医疗保险、大病保险起付线以下的政策范围内个人自付费用，按规定纳入救助范围。对低保对象、特困人员原则上取消医疗救助起付标准，暂不具备条件的地区，其年度起付标准不得高于所在统筹地区上年居民人均可支配收入的5%，并逐步探索取消医疗救助起付标准。低保对象、特困人员符合规定的医疗费用可按不低于70%的比例实行医疗救助，其他救助对象救助比例原则上略低于低保对象。
原则上，其他非困难群众并不能享受上述倾斜政策。三重保障制度之外的其他医疗保障，特别是商业健康保险，其目标人群主要是具有缴费能力的正常健康体，一般情况下，排斥非健康体参保；而企业补充医疗保险则主要是效益较好企业的职工的一种福利。从严格的意义上来说，它们都是对有缴费能力的健康人员在未来可能发生的疾病医疗的一种保障，保障水平的高低取决于保费缴费的多少，更多体现出“嫌贫爱富”的特点。
四、彼此间存在依存关系
显然，解决重特大疾病高额医疗费用问题不能单纯依靠政府一方面的力量，客观上需要积极动员并充分发挥社会各方面力量，并辅之以多层次医疗保障的形式。尽管重特大疾病医疗保障和多层次医疗保障在内涵和外延上都存在区别，但却有着形式上的相似性，如果单从其外在形式上看，重特大疾病医疗保障体系是内嵌在多层次医疗保障体系的一个子系统。
同时，两者也存在着相互依存、相互促进的关系。一方面，重特大疾病医疗保障体系的建立健全将有力地推动着多层次医疗保障体系不断进步。另一方面，多层次医疗保障体系的发展完善也为重特大疾病医疗保障体系建设奠定基础、提供支持、促进发展。
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