mkdir Trimmomatic#新建文件夹
cd Trimmomatic#进入文件夹
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip#下载软件
unzip Trimmomatic-0.38.zip# 解压文件
ll
cd Trimmomatic-0.38#进入文件夹
which java#找java；返回值 /usr/java/jdk-15.0.2/bin/java
pwd#目前位置：/root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38
ls#trimmomatic-0.38.jar
/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar -help
cd SRR1825955#转移到存储SSR文件位置
ll
/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR1825955_1.fastq.gz SRR1825955_2.fastq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
使用
单末端测序数据：
trimmomatic SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
双末端测序数据：
trimmomatic PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
常用参数：
-threads 线程数，最大是CPU核数
-trimlog 生成日志名，强烈建议不开这个参数，生成的log文件巨大且大多数情况下，你是不会看的
-quiet 静默模式
与其他软件命令不同，Trimmomatic提供了多种修整步骤：
ILLUMINACLIP：从reads中剪切adapter和其他Illumina特定序列。
SLIDINGWINDOW：执行滑动窗口修剪，一旦窗口内的平均质量低于阈值，则切割。
LEADING：如果低于阈值质量，则在reads起始处剪切碱基
TRAILING：如果低于阈值质量，则在reads末尾处剪切碱基
CROP：将reads从末尾切割为指定长度
HEADCROP：从reads剪切后低于指定长度，则删除
MINLEN：如果reads低于指定长度，则删除
TOPHRED33：将质量得分转换为Phred-33
TOPHRED64：将质量得分转换为Phred-64
USADELLAB.org - Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data
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