Cygwin安装和使用（待完善）

安装Cygwin记录

在https://cygwin.com/install.html选择合适的版本进行下载，

版本选择

后续是运行该工具的截图

欢迎界面 安装项 安装目录 下载目录 网络代理 添加镜像点 选择工具-默认 确认内容 安装过程 安装结果 打开工具

如果后续还需要增加工具，则重新运行setup-x86_64.exe在Select Packages中勾选所需要的内容

在Cygwin里安装git

重新运行setup-x86_64.exe，之前的操作不便，在Select Packages中勾选所需要的内容

选择Git

待下载安装完成之后打开Cygwin, 确认是否可以使用。

git安装成功

尝试从GitHub上克隆一个项目到本地

cd d: #切换到Dpan
mkdir -p GitProject && cd GitProject
git clone https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis.git

顺利克隆

在Cygwin中，Windows的磁盘都挂载在/cygdrive目录下

尝试编译bwa

为了编译bwa，需要gcc和make，以及zlib，这些都可以在Select Packages勾选下载。

GCC ZLIB

之后从GitHub上克隆到本地进行编译。

git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa && make
bwa /usr/local/bin/

顺利编译