生信小组DAY3-JANE

第三天，学习Linux环境下的软件安装

首先思维导图 思维导图

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今天的学习内容

主要几个方面

• 压缩软件安装：bzip2
• 管理软件安装：miniconda
• 安装miniconda后基础操作

最主要的几个代码

今天的代码比较简单，就是列表list，搜索search，卸载remove，安装install

• conda list：查看conda列表 conda list
• conda search fastqc：搜索软件fastqc
  下面的就是各种相关版本
  search
• conda install fastqc -y：安装软件，默认最新版
  如果需要其他版本conda install fastqc=0.11.7 -y
  ps：-y 默认后续每个选项确认是都是yes，如果没有。。就当锻炼了。。
  isntall
• conda remove fastqc -y 卸载软件
  image.png

选修

• conda data ：由于生信分析中，分析不同的任务时，可能会用到同一个软件的不同版本，因此需要不同的conda环境
• conda info --envs：查看目前的环境（前面加*的为当前环境）
  conda environment
• conda create -n rna-seq fastqc trimmomatic -y：创建新环境
• -n：name
• rna-seq 新建的环境
• fastqc trimmomatic：顺便安装俩软件
• -y：不要问我，直接安装

new environment

• source activate dna-seq：激活新环境
  由于之前做的时候没写记录，已经安装了新环境rna-seq，这次安装一个dna-seq
  activate
• conda remove -n rna-seq --all ：全部卸载
• conda remove -n rna-seq fastqc -y ：卸载某个软件
  ps：注意要卸载时，不能停留在要卸载的文件夹，比如windows你想删除整个D盘，那么你在D盘里面就没有办法操作，要返回“我的电脑”才可以
  image.png
  卸载环境后，再次查看环境，发现rna-seq环境已经没有了
  再次查看

最后的ps：满屏幕的代码，还有做错的各种代码，看着头大，新学习的指令，clear可以清屏~ clear 清屏后，舒服 after clear