美文网首页
这种Dotplot展示单细胞基因表达

这种Dotplot展示单细胞基因表达

作者: KS科研分享与服务 | 来源:发表于2021-11-29 15:54 被阅读0次

好久不见!
这里分享一种单细胞数据可视化的图形修饰。
先加载一个seurat公共的单细胞数据集

InstallData("pbmc3k")
data("pbmc3k")
PBMC <- pbmc3k.final
PBMC = UpdateSeuratObject(object = PBMC)

一般展示marker基因用这种点图:

Markers <- c('AGER','SCGB3A2','TPPP3','CD68','FCN1','CD1C','CD14','MARCO',
             'CXCR2','IL3RA','CD3D','CD8A','KLRF1','CD79A','MS4A1','S100A8')
DotPlot(PBMC, features = Markers)
image.png

额,很普通!
所以修饰修饰,让它看起来更舒服,也对得起测序花的钱。
所幸,发现了一个新的包,可以让他更好:

image.png

快用起来吧

文章字数虽少,但不敷衍,东西是实实在在的好东西!

相关文章

网友评论

      本文标题:这种Dotplot展示单细胞基因表达

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/hirlxrtx.html