可以先试一下entrez-direct，但是好像有很多esearch不到链接的基因组：
conda install -c bioconda entrez-direct
nohup sh -c 'for i in $(<prefetch_fna.list);do esearch -db genome -query ${i} |elink -target assembly|esummary|xtract -pattern FtpPath_RefSeq -element FtpPath_RefSeq>>fna.link;done' &
not working
所以使用了下面这个：
先从下面这个地址下载ASSEMBLY_REPORTS文件，然后在本地用grep提取信息，能够得到ftp基因组信息文件夹的地址，再人工加上（paste）后缀，比如_genomics.fna.gz或者_genomics.gff.gz等等。然后wget。
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/
可以先试一下entrez-direct，但是好像有很多esearch不到链接的基因组： not working所以...
首先，下载好基因组的完成图（自己的也行，只要确保测序质量够好），先用prokka注释完获得*.gff文件（批量可以...
网上查了查似乎没有一个完整的从参考基因组reference.fna和注释文件.gff出发，到blastn，再到提取...
该格式由一个fasta文件组成，每条记录只有两行：header和sequence。每个序列必须正好一行，不能拆分多...
上次写过一篇批量下载基因组的文章，使用的方法是从NCBI一个网站上搜索，下载文件里提取ftp网址，然后再用wget...
properties读取文件 properties文档 批量下载 下载
批量上传： 单文件下载：
专门下载B站视频，支持超清画质批量下载，支持弹幕批量下载。 目前好像不能批量下ASS弹幕文件，可以先选择批量下载X...
批量下载系统中多个文件
下载单个文件脚本代码 上传单个文件脚本代码 批量下载脚本代码 批量上传脚本代码 命令解释 登录FTP << 是使用...
本文标题：批量下载基因组fna文件
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/hnhgaktx.html
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