前言
ProjecTILs系列教程写到这也算告一段落了,现在做一个简单的梳理:最开始的第一篇推文:ProjecTILs:一站式解决肿瘤和感染模型中T细胞的注释,主要是对ProjecTILs的开发过程和功能框架进行介绍;随后5篇推文,ProjecTILs系列教程(一):MC38 TILs克隆型分析等分别通过实操对ProjecTILs的使用进行介绍;本篇推文则是通过实例文章对ProjecTILs的使用场景进行普及。最后还会有一篇推文介绍ProjecTILs的网页版,特别推荐给不会编程语言的小伙伴。
下面,Immugent就随机挑选了3篇10+的文章对ProjecTILs的用法进行介绍,大家可以根据自己的需求进行学习。
示例解读
ProjecTILs截止到目前被引用的并不多,但是不乏高分文章,小编要介绍的第一篇就是去年发表在cell杂志上的一篇题为:Antigen dominance hierarchies shape TCF1+ progenitor CD8 T cell phenotypes in tumors的文章。原文的描述是这样的:To explore this transcriptional heterogeneity, we classified single cells using ‘‘ProjecTILs’’ T cell atlases derived from mouse lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) infection and B16 melanoma and MC38 colorectal carcinoma tumor infiltrating lymphocytes (TILS).
image.png作者在这里使用ProjecTILs分别对LCMV和小鼠肿瘤模型浸润的T细胞亚群进行注释,成功鉴定出了TCF1+ progenitor CD8 T 细胞。
接下来要介绍的这篇文章是今年发表在Science advances杂志上的一篇题为:Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer的文章。
image.png作者这里使用的就更大胆了,直接放的ProjecTILs原图进行展示,将自己测的单细胞数据比对到ProjecTILs参考图谱上进行映射,并对关键基因的表达进行展示。
最后要介绍的这篇是今年发表在Cancer Immunol Res杂志上的一篇题为:Targeting the PSGL-1 Immune Checkpoint Promotes Immunity to PD-1–Resistant Melanoma的文章,文章原文描述是:we next evaluated whether there were changes in progenitor (Tpex) and terminally (Tex) exhausted T-cell gene signatures in these clusters。
image.png在这篇文章里作者用的ProjecTILs就比较含蓄了,主要是参考了它的marker genes,然后根据这些基因自己定义的不同CD8 T细胞亚群。
展望
上面小编只是介绍了在目前已经发表的文章中,ProjecTILs不同场景的使用用法;这些在我们之前的实操中都有介绍,大家感兴趣的可以自己检索一下其它的推文进行相关学习。
总体来说,ProjecTILs既然能被Cell的文章引用也就能说明它的权威性和准确性。但是从上面几篇文献我们也可以看出,目前使用ProjecTILs主要还是对小鼠的T细胞进行注释,可能还有别的文献用于人的T细胞注释,但终究不是主流。即便如此,ProjecTILs提供的一些marker genes包括对CD8 T细胞的划分还是适用于人的,我们可以在实际使用中结合人的特殊标志基因进行联合注释。
好啦,本次分享到这就结束啦,我们下期再会!
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