前言
ProjecTILs系列教程写到这也算告一段落了，现在做一个简单的梳理：最开始的第一篇推文：ProjecTILs：一站式解决肿瘤和感染模型中T细胞的注释,主要是对ProjecTILs的开发过程和功能框架进行介绍；随后5篇推文，ProjecTILs系列教程（一）：MC38 TILs克隆型分析等分别通过实操对ProjecTILs的使用进行介绍；本篇推文则是通过实例文章对ProjecTILs的使用场景进行普及。最后还会有一篇推文介绍ProjecTILs的网页版，特别推荐给不会编程语言的小伙伴。
下面，Immugent就随机挑选了3篇10+的文章对ProjecTILs的用法进行介绍，大家可以根据自己的需求进行学习。
示例解读
ProjecTILs截止到目前被引用的并不多，但是不乏高分文章，小编要介绍的第一篇就是去年发表在cell杂志上的一篇题为：Antigen dominance hierarchies shape TCF1+ progenitor CD8 T cell phenotypes in tumors的文章。原文的描述是这样的：To explore this transcriptional heterogeneity, we classified single cells using ‘‘ProjecTILs’’ T cell atlases derived from mouse lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) infection and B16 melanoma and MC38 colorectal carcinoma tumor infiltrating lymphocytes (TILS).
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作者在这里使用ProjecTILs分别对LCMV和小鼠肿瘤模型浸润的T细胞亚群进行注释，成功鉴定出了TCF1+ progenitor CD8 T 细胞。
接下来要介绍的这篇文章是今年发表在Science advances杂志上的一篇题为：Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer的文章。
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作者这里使用的就更大胆了，直接放的ProjecTILs原图进行展示，将自己测的单细胞数据比对到ProjecTILs参考图谱上进行映射，并对关键基因的表达进行展示。
最后要介绍的这篇是今年发表在Cancer Immunol Res杂志上的一篇题为：Targeting the PSGL-1 Immune Checkpoint Promotes Immunity to PD-1–Resistant Melanoma的文章，文章原文描述是：we next evaluated whether there were changes in progenitor (Tpex) and terminally (Tex) exhausted T-cell gene signatures in these clusters。
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在这篇文章里作者用的ProjecTILs就比较含蓄了，主要是参考了它的marker genes，然后根据这些基因自己定义的不同CD8 T细胞亚群。
展望
上面小编只是介绍了在目前已经发表的文章中，ProjecTILs不同场景的使用用法；这些在我们之前的实操中都有介绍，大家感兴趣的可以自己检索一下其它的推文进行相关学习。
总体来说，ProjecTILs既然能被Cell的文章引用也就能说明它的权威性和准确性。但是从上面几篇文献我们也可以看出，目前使用ProjecTILs主要还是对小鼠的T细胞进行注释，可能还有别的文献用于人的T细胞注释，但终究不是主流。即便如此，ProjecTILs提供的一些marker genes包括对CD8 T细胞的划分还是适用于人的，我们可以在实际使用中结合人的特殊标志基因进行联合注释。
好啦，本次分享到这就结束啦，我们下期再会！
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