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对扣缴义务人应扣未扣个人所得税，在追缴时是否应当加收滞纳金，征管法及实施细则中没有以专条作出规定，值得加以讨论。
对此问题，国家税务总局曾经有过处理意见。在《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函[2004]1199号）文件中，总局明确提出“关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题，按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。”
该规定看似明确了这一问题的处理办法，但在法理上是存在重大缺陷的，基层税务机关如果按此执行，有可能陷入失职的陷阱。
首先，解释法律的权限上看，国家税务总局无权对法律法规作出扩张性解释。
征管法是人大立法，税务总局无权解释，只能在法律规定范围内明确上位法规的具体执行程序、方法、口径等，不能无中生有，也不能做无本之源的规定。而且批复这一公文形式主要是针对一些特别的问题作的解释回复，原则上只对提请批复和发送的税务机关和税务事项有效力，不适用于在全国范围内执行其他税务机关有类似的税务事项也可以参照执行，但必须要完全体会文件总税收原则和精神，否则有滥用或者扩大范围的执法风险。
其次，从法理上看，总局的这个批复是否能成立，也是需要考量的。
文中是适用了“《征管法》规定的原则”，而我们都知道，在法律适用中，如果有具体的条款可以适用于案件，是不能随意滥用法律原则来处理案件的。
由于该文件语焉不详，我们无从得知总局是如何归纳出这个原则的。广东省地税局对于相同的问题也曾经做出过一个批复，可以用来参考，揣摩一下总局的思考方式。
《关于扣缴义务人应扣未扣个人所得税滞纳金问题的批复》（粤地税函[2006]226号）是这样表述的：按照修订后的《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》）第六十九条“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款”以及修订前的《征管法》四十七条“扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由扣缴义务人缴纳应扣未扣、应收未收税款”的规定，对于扣缴义务人应扣未扣税款的，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不能向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
原来，只看征管法第六十九条，确实没有提到滞纳金的问题。那么是否不就是不需要征收呢？单独看这一条款，显然是不能确定的，因为该条只规定了向纳税人追缴税款，没有明确滞纳金究竟是征还是不征。
这时我们就需要来看一下征管法中关于滞纳金问题最原则和基础的规定，征管法第三十二条写的清清楚楚，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
将征管法第三十二条和第六十九条结合在一起看，对于扣缴义务人应扣未扣如何处理就相当明白了。对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款（69条），即“罚款不补税”。对纳税人，由税务机关向纳税人追缴税款（69条），从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金（32条），即“补税不罚款”。
从这两条，是不能推论出“不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金”这个结论的。
由上述分析可以得出，总局关于应扣未扣个人所得税问题如何处理的批复，并不完全正确。当然，此类规定属于有利于行政相对人的规定，一般来说不至于引起纳税争议。但如果存在第三方，如举报案件处理等，税务机关如果贸然适用，在追缴税款过程中不征收相应滞纳金，存在一定的执法风险。
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