linux补充学习1

作者: shine_9457 | 来源:发表于2021-01-30 09:10 被阅读0次

linux补充学习1
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Linux 学习笔记（二）：初识 Unix/Linux 操作系统

核心知识点：

1.操作迁移

浏览目录：ls
-切换目录：cd;pwd
-新建与删除文件夹：mkdir/mkdir/rm -r
-查看文本：less /head/tail/cat
-压缩与解压缩：zip/gzip/tar/xf
-了解资源使用的情况：top
-数据下载：wget/curl
-安装软件：apt -get/yum/conda
基本命令的使用：命令【空格】[参数]

练习：

(1) ls
使man ls可以查看关于ls的选项；常用的：

ls -l

total 92028 #
权限列                
drwxrwxr-x.  5 yangjy yangjy       46 Jan 21 10:58 biosoft
drwxrwxrwx.  4 yangjy yangjy      231 Jan 16 12:01 GEOgetools
drwxrwxrwx. 19 yangjy yangjy      276 Jan 21 11:12 miniconda3
-rwxrwxrwx.  1 yangjy yangjy 94235922 Nov 24 03:21 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
drwxrwxrwx.  3 yangjy yangjy       17 Jan 14 00:08 project
drwxrwxr-x.  2 yangjy yangjy        6 Jan 27 11:23 R
drwxrwxrwx.  5 yangjy yangjy      124 Dec 16 01:03 sratoolkit.2.10.9-ubuntu64
drwxrwxrwx.  2 yangjy yangjy        6 Jan 13 17:13 src
drwxrwxr-x.  4 yangjy yangjy       30 Jan 21 16:28 test

#补充：linux文件的权限（由10位组成）

第1位文件类型 -为：表示文件；d为：表示文件夹（常见）
第2-4位 rwx 是指拥有者具有可读r可写w可执行x的权限
第5-7位 rwx 指该文件属主所在同一个组的用户所具有的权限
第8-10位r-x 指其他用户所具有的权限

常用的linux文件权限：
444 r--r--r--
600 drw-------
644 drw-r--r--
666 drw-rw-rw-
700 drwx------
744 drwxr--r--
755 drwxr-xr-x
777 drwxrwxrwx

最前面那个 - 代表的是类型
中间那三个 rw- 代表的是所有者（user）
然后那三个 rw- 代表的是组群（group）
最后那三个 r-- 代表的是其他人（other）

0（没有权限）；4（读取权限）；5（4+1 | 读取+执行）；6（4+2 | 读取+写入）；7（4+2+1 | 读取+写入+执行）

(2) cd
(3) mkdir ; mv
实例

drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:26 biosoft
-rw-rw-r--  1 bio03 bio03  372 Jan 23 14:04 home.txt
drwxrwxr-x 18 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:13 miniconda3
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:56 project
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:57 src
ID:~$ mv abc test1
ID:~$ mv biosoft toolskit
ID:~$ mv home.txt a.txt
ID:~$ mv miniconda3 condahelp
ID:~$ mv project eg
ID:~$ mv src test2
ID:~$ ls -lh
total 24K
-rw-rw-r--  1 bio03 bio03  372 Jan 23 14:04 a.txt
drwxrwxr-x 18 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:13 condahelp
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:56 eg
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 29 19:07 test1
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:57 test2
drwxrwxr-x  2 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:26 toolskit

(3)wget 下载
实例

拟南芥
右键复制下载地址
wget 右键粘贴：
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-49/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz

结果
ID:~/test1$:ls
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #.gz 压缩包
zless Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #zless 查看内容
gunzip Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #gunzip 解压缩

补充：

linux命令怎么用：

man
help
info
[搜索引擎]
2.TAB补全
3.环境变量
环境变量与局部变量
1）查看环境变量PATH(echo $PATH)

echo $PATH #加上$表示变量名称
/home/yangjy/miniconda3/envs/chipseq/bin:/bin:/usr/bin:/home/yangjy/GEOgetools/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/GEOgetools/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/miniconda3:/root/usr/local/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/.GEOgetools:/home/yangjy/.aspera/connect/bin:/home/yangjy/.local/bin:/home/yangjy/bin

可以使用ls分别查看：
为什么有些可以打开，一些不行？

2）什么时候用==》新建一个目录存放软件时需要添加环境变量
3）如何操作将目录加入环境变量PATH
4）实例

打开 bing国际版
下载seqkit
补充：关于seqkit：

[基因组工具]seqkit
fasta/q处理工具
软件的安装与使用参考

(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 6468
-rw-rw-r-- 1 bio03 bio03 6620785 Jan 12 22:38 seqkit_linux_amd64.tar.gz
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz #使用tar -zxvf 解压
seqkit
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit 
### 使用 ./seqkit(./命令名 执行当前目录下的命令）

使用./命令名执行当前目录下的命令
(凡是以/开头的都是绝对路径，否则为相对路径）；因此此处使用相对路径来调用命令

./seqkit #相对路径
/home/bio03/opt/bin/seqkit #绝对路径

但是并不是所有软件都是可读可写可执行的（rwx）；

bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 13380
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit #可读可写可执行
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ chmod 055 seqkit #更改权限055
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 13380
----r-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit #不可读不可写不可执行
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ./seqkit
-bash: ./seqkit: Permission denied #权限不够
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ chmod 755 seqkit #更改
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -lh
total 14M
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 14M Jan 12 22:12 seqkit #可读
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ./seqkit 
SeqKit -- a cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation
。。。。。。。。。。。。。。。。。。

添加环境变量

 ls ~/opt/bin/ #首先ls一下，确保存在
seqkit
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ export PATH=$PATH:~/opt/bin/ #export+环境变量
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ seqkit #直接打seqkit发现可以条用，成功。

but 这只是短时存在，为了能一直有效，需要添加到配置文件
？配置文件通过vim ~/.bashrc
i后可以编辑，在最后添加export PATH=$PATH:~/opt/bin/
Esc 后：wq 保存并退出