影片的开始以一个充满悬疑的梦境引入，溺水窒息的画面暗示了男主林肯内心对于神秘岛的恐惧与怀疑，更准确的说其实是对于未来的不确定。他渴望摆脱基地中那种索然无味的生活，他有很多的疑问，然而并没有人愿意去解答他，所以他选择自己探索，打破生活的僵局。
一只虫子的闯入为他打开了新世界的大门，他一步步调查发现原来并没有所谓的神秘岛，去往神秘岛只不过是通往死亡之路。他要挽救自己即将启程的好朋友乔丹，历经重重阻拦他们逃到了外面的世界，继而知道了自己是复制人的事实，可是他们也希望有自己的生活，基地的追杀让他们无所适从，后来决定寻求自己的主体来保护自己，结果适得其反，主体并不希望自己存在，设计逮捕杀害计划，没想到阴差阳错男主这个复制体活了下来，后来他意识到他有责任去解救那些还被蒙在鼓里，也将赴死的同伴。他去了基地不惧危险，最后和女主以及良心发现的黑人安保总管救出了复制人。而罪魁祸首的梅列克医生及公关部主任最终死了，以后也不会再有克隆人的出现。
导演通过此片想表达的主题再明显不过，克隆人的存在首先不从社会伦理道德来论，单单是就人而言就是一种亵渎，生命的自主权不应该也不能被随意剥夺。每个人作为独立的个体，都应该拥有自己的记忆，自己的生活，自己的世界，不应该沦为一种工具，甚至于是一种商品，能够用钱交易的绝不是一个活生生的人，一个活生生从人身体中取出的器官。敬畏生命是人类永恒的主题。
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