学习小组Day5 -- ksprings

学习小组Day5--R语言数据结构.png

一、新手tips

• 赋值符号是 <-("alt"+"-")
• Console 控制台输入的是单行命令
• 代码中括号是英文的
• 显示工作路径 getwd()
• 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串
• 表格在R语言中改名叫数据框
• 善用命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分测试代码功能
• 数据类型
  -- 向量（vector）
  -- 矩阵（Matrix）
  -- 数组（Array）
  -- 数据框（Data frame）
  -- List

二 向量

1. 向量与标量

• 标量 单个元素
• 向量 多个元素

2. 元素提取

• 根据位置

> x <- c(1:10)
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x[1:4]
[1] 1 2 3 4
> x[-1:-4]
[1]  5  6  7  8  9 10
> x[c(3,5,8)]
[1] 3 5 8

• 根据值

> x <- rep(4:9,times=2)
> x
 [1] 4 5 6 7 8 9 4 5 6 7 8 9
> x[x>5]
[1] 6 7 8 9 6 7 8 9
> x[x %in% c(7,8)]
[1] 7 8 7 8

三、数据框

1.读取 read.table

• sep 分隔符
• header 表头

> a <- read.table(file ="huahua.txt",sep = "\t",header = T)
> a
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

2. 设置行名和列名

• 行名 rowname
• 列名 colname

> b <- read.csv("doudou.txt",sep = ",",header = T)
> b
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> rownames(b)
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(b)
[1] "X1" "X2"
> colnames(b)[1]<-"bioplanet"
> b
  bioplanet X2
1         A  1
2         B NA
3         C NA
4         D  3
5         E NA

3. 导出write.table

> dir()
[1] "Day5.R"     "doudou.txt" "huahua.txt"
> write.table(b,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
> dir()
[1] "Day5.R"     "doudou.txt" "huahua.txt" "yu.txt"

4. 保存与加载

• 保存所有变量 save.image
• 保存一个变量 save

> save.image(file="bioinfoplanet.RData")
> save(b,file="test.RData")
> dir()
[1] "bioinfoplanet.RData" "Day5.R"              "doudou.txt"          "huahua.txt"          "test.RData"         
[6] "yu.txt"    

• 加载 load

> rm(list = ls())
> ls()
character(0)
> load("test.RData")
> ls()
[1] "b"

５．提取元素

• 下标

> b
  bioplanet X2
1         A  1
2         B NA
3         C NA
4         D  3
5         E NA
> class(b)
[1] "data.frame"
> b[1,1]
[1] A
Levels: A B C D E
> b[2,]
  bioplanet X2
2         B NA
> b[,1]
[1] A B C D E
Levels: A B C D E

• 行列名

> b$bioplanet
[1] A B C D E
Levels: A B C D E

• 直接使用数据框中的变量的方法：
  -- attach--detach 两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错

> attach(b)
> bioplanet
[1] A B C D E
Levels: A B C D E
> detach(b)

-- with

a <- data.frame(case=paste("S",1:10,sep = '_'),values=runif(10))
a
with(a,x<<-summary(values))

四、思考题

> save(X,file="test.RData")
Error in save(X, file = "test.RData") : 目标对象‘X’不存在
> X <- b
> save(X,file="test1.RData")

引用内容及测试数据来自自微信公众号--生信星球