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学习小组Day3笔记--ksprings

学习小组Day3笔记--ksprings

作者: ksprings | 来源:发表于2020-04-19 17:55 被阅读0次
    学习小组Day3--Miniconda安装和使用.png

    教程-- conda管理生信软件一文就够

    下载(选择最新的合适版本)

    清华镜像

    --2020-04-19 15:42:46--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
    Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
    Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
    HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
    Length: 89817099 (86M) [application/octet-stream]
    Saving to: ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’
    
    Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh     100%[==================================================================================>]  85.66M  1.71MB/s    in 35s     
    
    2020-04-19 15:43:21 (2.45 MB/s) - ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’ saved [89817099/89817099]
    
    bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ ls
    Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
    

    安装bash

    bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh 
    
    Welcome to Miniconda3 4.8.2
    
    In order to continue the installation process, please review the license
    agreement.
    Please, press ENTER to continue
    >>> 
    ===================================
    End User License Agreement - Anaconda Individual Edition
    ===================================
    
    ......
    ......
    
    Do you accept the license terms? [yes|no]
    ==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
    
    If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
       set the auto_activate_base parameter to false: 
    
    conda config --set auto_activate_base false
    
    Thank you for installing Miniconda3!
    
    

    激活source

    bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
    
    

    添加镜像

    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes
    

    使用

    • 查看已安装软件 conda list
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
    # packages in environment at /home/bio05/miniconda3:
    #
    # Name                    Version                   Build  Channel
    _libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
    asn1crypto                1.3.0                    py38_0    defaults
    ca-certificates           2020.4.5.1           hecc5488_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    certifi                   2020.4.5.1       py38h32f6830_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cffi                      1.14.0           py38h2e261b9_0    defaults
    chardet                   3.0.4                 py38_1003    defaults
    conda                     4.8.3            py38h32f6830_1    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-package-handling    1.6.0            py38h7b6447c_0    defaults
    cryptography              2.8              py38h1ba5d50_0    defaults
    fastqc                    0.11.9                        0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37                 hab24e00_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fontconfig                2.13.1            h86ecdb6_1001    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    freetype                  2.10.1               he06d7ca_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    icu                       64.2                 he1b5a44_1    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    idna                      2.8                   py38_1000    defaults
    ld_impl_linux-64          2.33.1               h53a641e_7    defaults
    libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0    defaults
    libffi                    3.2.1                hd88cf55_4    defaults
    libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0    defaults
    libiconv                  1.15              h516909a_1006    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libpng                    1.6.37               hed695b0_1    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0    defaults
    libuuid                   2.32.1            h14c3975_1000    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libxml2                   2.9.10               hee79883_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ncurses                   6.2                  he6710b0_0    defaults
    openjdk                   11.0.1            h516909a_1016    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openssl                   1.1.1f               h516909a_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    perl                      5.26.2            h516909a_1006    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pip                       20.0.2                   py38_1    defaults
    pycosat                   0.6.3            py38h7b6447c_0    defaults
    pycparser                 2.19                       py_0    defaults
    pyopenssl                 19.1.0                   py38_0    defaults
    pysocks                   1.7.1                    py38_0    defaults
    python                    3.8.1                h0371630_1    defaults
    python_abi                3.8                      1_cp38    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline                  7.0                  h7b6447c_5    defaults
    requests                  2.22.0                   py38_1    defaults
    ruamel_yaml               0.15.87          py38h7b6447c_0    defaults
    setuptools                45.2.0                   py38_0    defaults
    six                       1.14.0                   py38_0    defaults
    sqlite                    3.31.1               h7b6447c_0    defaults
    tk                        8.6.8                hbc83047_0    defaults
    tqdm                      4.42.1                     py_0    defaults
    urllib3                   1.25.8                   py38_0    defaults
    wheel                     0.34.2                   py38_0    defaults
    xz                        5.2.4                h14c3975_4    defaults
    yaml                      0.1.7                had09818_2    defaults
    zlib                      1.2.11               h7b6447c_3    defaults
    
    • 查找软禁 conda search
    • 下载安装软件 conda install
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda install -y fastqc
    Collecting package metadata (current_repodata.json): done
    Solving environment: done
    
    • 删除软件 conda remove
    • 更新软件 conda update
    • 查看环境 conda info --envs
      • 配置环境 conda create
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    Collecting package metadata (current_repodata.json): done
    Solving environment: done
    
    ## Package Plan ##
    
      environment location: /home/bio05/miniconda3/envs/rna-seq
    
      added / updated specs:
        - fastqc
        - python=3
        - trimmomatic
    
    
    The following packages will be downloaded:
    
        package                    |            build
        ---------------------------|-----------------
        _libgcc_mutex-0.1          |      conda_forge           3 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        _openmp_mutex-4.5          |            0_gnu         435 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        alsa-lib-1.1.5             |    h516909a_1002         544 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        giflib-5.2.1               |       h516909a_2          80 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        jpeg-9c                    |    h14c3975_1001         251 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        lcms2-2.9                  |       hbd6801e_1         406 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        ld_impl_linux-64-2.34      |       h53a641e_0         616 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libffi-3.2.1               |    he1b5a44_1007          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libgcc-ng-9.2.0            |       h24d8f2e_2         8.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libgomp-9.2.0              |       h24d8f2e_2         816 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libstdcxx-ng-9.2.0         |       hdf63c60_2         4.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libtiff-4.1.0              |       hc7e4089_6         668 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libwebp-base-1.1.0         |       h516909a_3         845 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        libxcb-1.13                |    h14c3975_1002         396 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_0         223 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        ncurses-6.1                |    hf484d3e_1002         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        openjdk-11.0.1             |    h600c080_1018       172.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        pip-20.0.2                 |             py_2         1.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        pthread-stubs-0.4          |    h14c3975_1001           5 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        python-3.8.2               |he5300dc_6_cpython        70.8 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        readline-8.0               |       hf8c457e_0         441 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        setuptools-46.1.3          |   py38h32f6830_0         635 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        sqlite-3.30.1              |       hcee41ef_0         2.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        tk-8.6.10                  |       hed695b0_0         3.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        trimmomatic-0.39           |                1         142 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
        wheel-0.34.2               |             py_1          24 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-fixesproto-5.0        |    h14c3975_1002           8 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-inputproto-2.3.2      |    h14c3975_1002          18 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-kbproto-1.0.7         |    h14c3975_1002          26 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libx11-1.6.9          |       h516909a_0         918 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxau-1.0.9          |       h14c3975_0          13 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxdmcp-1.1.3        |       h516909a_0          18 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxext-1.3.4         |       h516909a_0          51 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxfixes-5.0.3       |    h516909a_1004          17 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxi-1.7.10          |       h516909a_0          45 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxrender-0.9.10     |    h516909a_1002          31 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-libxtst-1.2.3         |    h516909a_1002          31 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-recordproto-1.14.2    |    h516909a_1002           7 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-renderproto-0.11.1    |    h14c3975_1002           8 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-xextproto-7.3.0       |    h14c3975_1002          27 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xorg-xproto-7.0.31         |    h14c3975_1007          72 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        xz-5.2.5                   |       h516909a_0         430 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        zlib-1.2.11                |    h516909a_1006         105 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        zstd-1.4.4                 |       h6597ccf_3         991 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
        ------------------------------------------------------------
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    The following NEW packages will be INSTALLED:
    
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      _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
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      xz                 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_0
      zlib               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1006
      zstd               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zstd-1.4.4-h6597ccf_3
    
    
    
    Downloading and Extracting Packages
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    xorg-kbproto-1.0.7   | 26 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    setuptools-46.1.3    | 635 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxtst-1.2.3   | 31 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    zlib-1.2.11          | 105 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    libwebp-base-1.1.0   | 845 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libx11-1.6.9    | 918 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    libxcb-1.13          | 396 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    pip-20.0.2           | 1.0 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    alsa-lib-1.1.5       | 544 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    lz4-c-1.9.2          | 223 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    giflib-5.2.1         | 80 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    ncurses-6.1          | 1.3 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    libgcc-ng-9.2.0      | 8.2 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    tk-8.6.10            | 3.2 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-xproto-7.0.31   | 72 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    wheel-0.34.2         | 24 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    _libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ########################################################################################################################## | 100% 
    pthread-stubs-0.4    | 5 KB      | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-renderproto-0.1 | 8 KB      | ########################################################################################################################## | 100% 
    lcms2-2.9            | 406 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxfixes-5.0.3 | 17 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-fixesproto-5.0  | 8 KB      | ########################################################################################################################## | 100% 
    python-3.8.2         | 70.8 MB   | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxi-1.7.10    | 45 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxau-1.0.9    | 13 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    libstdcxx-ng-9.2.0   | 4.5 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-inputproto-2.3. | 18 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    trimmomatic-0.39     | 142 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    libtiff-4.1.0        | 668 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxdmcp-1.1.3  | 18 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    openjdk-11.0.1       | 172.1 MB  | ########################################################################################################################## | 100% 
    libffi-3.2.1         | 47 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    jpeg-9c              | 251 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxext-1.3.4   | 51 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-recordproto-1.1 | 7 KB      | ########################################################################################################################## | 100% 
    xz-5.2.5             | 430 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    zstd-1.4.4           | 991 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    _openmp_mutex-4.5    | 435 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-libxrender-0.9. | 31 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    sqlite-3.30.1        | 2.0 MB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    readline-8.0         | 441 KB    | ########################################################################################################################## | 100% 
    xorg-xextproto-7.3.0 | 27 KB     | ########################################################################################################################## | 100% 
    Preparing transaction: done
    Verifying transaction: done
    Executing transaction: done
    #
    # To activate this environment, use
    #
    #     $ conda activate rna-seq
    #
    # To deactivate an active environment, use
    #
    #     $ conda deactivate
    
    • 激活环境 conda activate
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
    (rna-seq) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ 
    
    • 退出环境 conda deactivate
    (rna-seq) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate 
    (base) bio05@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ 
    
    
    
    • 移除环境 conda env remove

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        本文标题:学习小组Day3笔记--ksprings

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