我们已经知道了，免疫系统的组成，也了解了免疫系统的功能，下一步就是要了解人体是如何防止外源性的病毒、细菌等物质，医学上叫做抗原，来侵犯人体，以及人体是如果“剿灭”它们的。
我们知道，所谓的免疫，就是人体通过区别“自己”和“非己”，并对“非己”物质进行识别、应对、和予以清除的一种生物学效应的总和。这些进入人体内的“非己”物质，就是抗原。
抗原，是指所有能激活和诱导人体免疫应答的一些物质。这些物质，通常能被T淋巴细胞和B淋巴细识别出来，并和其结合，而后可产生特异性淋巴细胞或抗体，这些抗体物质再与抗原结合，从而使抗原破坏，其对人体失去侵害作用。
抗体，是人体免疫系统在抗原的刺激下，由B淋巴细胞或者是记忆B淋巴细胞增值、分化成的“浆细胞”所产生的、可与相应的抗原发生特异性结合的免疫球蛋白。简单的说，抗体就是免疫球蛋白，在人体有五种免疫球蛋白，分别是免疫球蛋白G（IgG）、IgM、IgA、IgD、IgE。它们主要分布在人的血清中，起到结合抗原、激活补体等作用，从而发挥着保护机体免受抗原侵害的作用。
值得一提的是，在人类，免疫球蛋白G（IgG）是唯一能通过胎盘的免疫球蛋白。它通过母体的胎盘，再经过母-胎血液循环，主动进入胎儿体内。IgG穿过胎盘的作用，是一种重要的自然的被动免疫机制，对于新生儿抗感染具有重要的意义。其实，孩子从出生到六个月左右，不容易得病的原因，也是因为，孩子出生后，从母体中获得的IgG，足够其维持到六个月。但六个月之后，从母体中得到的IgG，已经消耗已尽，其自身产生的IgG，还处于青黄不接的状态，这就是3岁以内的孩子最容易得病的主要原因。三岁以后，其自体产生的IgG水平接近于成人，所以得病的次数明显减少。到了七岁左右，其体内产生的IgG，达到成人水平，所以，七岁以后的孩子就更不容易病了。
另外，还有一种抗体叫做分泌型IgA，可被转运到呼吸道和消化道粘膜表面，是这两个系统粘膜局部免疫的最主要因素。如果孩子呼吸道粘膜中的分泌型IgA比较多，那孩子就不容易得气管炎或肺炎，但却容易出现腹泻等问题；相反，如果孩子消化道粘膜中的分泌型IgA比较多的话，孩子就不容易得腹泻等消化道疾病，却容易出现咳嗽等呼吸道疾病。人体中的分泌型IgA的量是一定的，这个部位分配的多，那个部位就可能减少了，不可能是两个部位平均分配，这也就是，在临床上经常见到的情况是这样的：有的孩子经常咳嗽、咳痰，却很少出现腹泻；而有的孩子却是经常腹泻、稀便，但很少出现咳嗽、咳痰，其最主要的原因就在这里。用一句玩笑话来说，这就是老天的安排；用一句科学的话来说，这就是个体差异。
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