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菜鸟搭建有参转录组分析流程

菜鸟搭建有参转录组分析流程

作者: real3721 | 来源:发表于2019-01-18 09:53 被阅读0次

文章参考于李金明先生主编的《高通量测序技术》一书

一、样本的选择

  • 本次的样本来源于小鼠8个不同的组织（每个组织两个重复）

  • 数据来源于SRA数据库（PRJNA177791）
    样本信息如下：


    image.png

二、数据前处理

2.1 SRA数据的下载

建议参考https://www.jianshu.com/p/db712f07edd2来进行。

2.2 SRA数据解压

2.3 参考基因组下载

  • 参考网址https://www.gencodegenes.org/mouse/
    版本为GRCm38.p6 即mm10的最新版。
    需要下载的文件有三个：

    1. gtf文件：


      image.png

    1. lncRNA的gtf文件


      image.png

    1. 基因组的Fasta文件


      image.png

在这里吐槽下迅雷彻底没速度，浏览器10-20k，真是淡淡的忧桑。

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      本文标题：菜鸟搭建有参转录组分析流程

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