菜鸟搭建有参转录组分析流程

文章参考于李金明先生主编的《高通量测序技术》一书

一、样本的选择

• 本次的样本来源于小鼠8个不同的组织（每个组织两个重复）

• 数据来源于SRA数据库（PRJNA177791）
  样本信息如下：

  
  image.png

二、数据前处理

2.1 SRA数据的下载

建议参考https://www.jianshu.com/p/db712f07edd2来进行。

2.2 SRA数据解压

2.3 参考基因组下载

• 参考网址https://www.gencodegenes.org/mouse/
  版本为GRCm38.p6 即mm10的最新版。
  需要下载的文件有三个：

• 1. gtf文件：

     
     image.png

• 2. lncRNA的gtf文件

     
     image.png

• 3. 基因组的Fasta文件

     
     image.png

在这里吐槽下迅雷彻底没速度，浏览器10-20k，真是淡淡的忧桑。