GEPIA数据库

作者: 阿里丁丁 | 来源:发表于2021-05-23 23:41 被阅读0次

单基因分析single gene analysis

检索框输入目的基因→GOPIA→单基因分析模块

总览(general)

提供基因基本信息以及其他门户、人体组织表达分布;泛癌差异表达散点图、柱状图;基因的不同转录本和相似基因表(与XX基因共表达相关性最高的基因)。

差异表达基因分析(Differential Genes)

点击左侧导航栏Differential Genes→选择瘤种、差异表达基因界值、最小单位、表达上调还是下调、list还是plot。 image.png
image.png

基因在肿瘤中差异表达和共表达的图形绘制(Expression DIY)

①profile子版块绘制基因在肿瘤中差异表达的散点图
②Box plot子版块绘制差异表达的Box图
(a)分析基因差异表达
(b)分析基因集差异表达 :点signature,
(c)分析某个基因\基因集在肿瘤亚型的差异表达boxplot:点击subtype Filter


Separated:分析各个亚组与正常组的差异(比较常用)

③Stage plot:研究基因和肿瘤分期\子分期的相关性

子分期:①表示该sub分期样本过少,推荐用于主分期无显著差异或者子分期有明显临床意义时候使用

④multiple genes comparison:某种基因集在不同肿瘤中差异表达的热图

生存分析(survival analysis)

①survival analysis分板块:绘制生存曲线,最常用
②Most differential survival genes:识别与该肿瘤生存最相关的500个基因。
③survival map:绘制多个基因和多个肿瘤生存的相关性热图

转录本分析(isoform analysis)同一基因不同转录组分析

①isoform usage(研究某基因不同转录本在某/某些基因肿瘤中的表达分布情况,小提琴图):
②isoform structure:研究转录本结构

基因间相关性分析(Correlation Analysis)

有目的的验证两个基因之间是否存在相关性

筛选共表达基因(similar genes detection)

已知一个基因,无目的的筛选相关性最强的N个基因

降维分析 dimensionality reduction

*多个肿瘤分开的主成分
*肿瘤和对应正常组织区分的主成分

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