今天小编要和大家分享的是GEPIA 2021，大家可能都知道GEPIA是利用TCGA数据做可视化分析中比较著名的一款在线工具，该网站由北大张泽民教授团队开发，2017年发表在Nucleic Acids Research****（IF:11.501）上的，而今天要介绍的则是GEPIA 2021，一个针对GEPIA的独立扩展，具有多重基于去卷积的下游分析。GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses
GEPIA:癌症和正常基因表达谱分析及整合分析的网络服务器
一．GEPIA 2021总体介绍
在GEPIA的基础上，团队又推出了GEPIA 2021，首先打开GEPIA的官网http://gepia.cancer-pku.cn/index.html，我们就可以如图1所示，在网站右上角进入GEPIA 2021了。如图2所示，我们可以了解到GEPIA 2021使用生物信息学工具EPIC将TCGA/GTEx中的样本去卷成7种细胞类型(B细胞、CD4 T细胞、CD8 T细胞、巨噬细胞、NK细胞、内皮细胞和癌症相关的成纤维细胞)，并根据每个样本中的细胞比例推断，能够执行多个下游分析。
GEPIA 2021的功能
主要包括：细胞比例分析、关联分析、亚表达分析、生存分析，接下来小编会分别给大家介绍这些功能。
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图1 GEPIA 2021网站入口
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图 2 GEPIA 2021概括
二．GEPIA 2021功能****1.细胞比例分析在这一部分网站会提供可视化交互式箱线图展示选择的每个细胞类型的比例。我们可以对细胞类型或TCGA/GTEx子数据集之间的比例进行定量比较(ANOVA)，如图3所示我们可以过滤感兴趣的细胞类型，可视化并比较它们在每个样本中的比例。
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图3 胞型比例分析
2.关联分析在这一部分网站能够同时可视化两种细胞类型的比例。我们可以根据皮尔森相关系数进行定量比较。如图4所示，我们可以得到交互式散点图，这能够帮助我们对所选的两种细胞类型之间的比例相关性有一个定量的度量。
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图4 细胞类型间的比例相关性
3.亚表达分析网站在这一部分会用交互箱线图可视化选择的每个细胞类型的基因表达，并进行细胞类型水平差异表达分析，这一部分与细胞比例分析类似。如图5所示我们可以在细胞类型水平上执行差异表达，能够得到按细胞类型和子数据集分组的交互式箱线图，同时也能可视化和比较给定细胞类型的基因表达。
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图5 细胞类型水平表达分析
4.生存分析同样的，GEPIA 2021也提供了生存分析，这一部分网站会根据选择的细胞类型或子表达的比例将样本分为两组，然后用生存数据绘制各组的Kaplan-Meier曲线，曲线间的统计差异可以通过log-rank检验来测量，如图6所示。
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图6 细胞类型水平生存分析
到这里关于GEPIA 2021的主要功能就介绍完了，我们可以发现网站中的比例分析、关联分析、生存分析等功能简单有效，操作流程非常简单，就算是不用懂代码的小伙伴也可以得到像样的分析结果，感兴趣的小伙伴赶紧去探索下吧。
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