最近经常有同学跟我说他们知道R在微生物分析中很重要很好用,但是刚开始学习时毫无头绪,那么R在生信分析中要如何最快地上手以及应用呢?今天我就和大家聊聊我学习R的一些小经验,希望对自学R的小伙伴们有些些帮助。
R是什么?
R是用于统计分析、绘图十分好用的语言和操作环境。R的最强属性就是开源。因为开源,所以每个人都可以把自己开发的包(package)上传到R的社区中,以便后人使用。
虽然R很好,但它的界 面还是不够user-friendly。这时候就需要介绍一下在windows上运行R程序必备的操作软件--RStudio!RStudio是一款R语言的IDE,它还具有调试、可视化等功能(等老板叫你无限调整图片细节的时候你就知道RStudio有多好用了!)。
R在生信分析中的作用
在生信分析中,R常用的有各种检验:t检验, wilcoxon秩和检验,相关性检验,anova......并且绝大多数统计分析在R中已经存在各式各样的包,有时甚至只需要一行代码就能解决复杂的分析问题。除此之外,R常用于作图:柱状图、箱形图,热图,NMDS,PCA等等。
下载 R & RStudio
R是RStudio的基础,必须先安装R,再安装RStudio。
即使你只使用RStudio,还是必须先安装R。因为RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具,它自身并不附带R程序。
安装R
Step 1:打开R官网,点击download R
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/e5ec66ea0d731518.png)
Step 2:在一系列国家的镜像中找到China,并选择第一个清华的镜像
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/67328e088668b110.png)
Step 3:选择
Download R for Windows
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/52e8a5821906c6db.png)
Step 4:点击
install R for the first time
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/565be59bc41db431.png)
Step 5:点击下载最新版本的R
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/e085fe2f679d70f0.png)
Step 6:下载完成后双击安装即可
安装RStudio
Step 1:打开RStudio官网,点击Free下面的Download
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/f242ed5fb45252c5.png)
Step 2:点击下载Windows版本的RStudio
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/cb3af6808fcf0306.png)
Step 3:下载完成后双击安装即可
检查是否安装成功
打开R-Studio后是下面图片的样子,如果你打开后只有三个面板,这时你需要同时按住键盘上的 ctrl Shift n
,这是打开新脚本的快捷键,今后你会无限用到它。
这四个面板分别:左上用来写脚本,左下用来执行命令以及查看输出结果,右上的Enviroment是查看储存的变量,History是查看过往执行的命令是哪些,右下的Files是文本管理窗口,Plots是画图界面,Packages是包的管理窗口,Help用来查看帮助信息。
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/09b7ecf158ee3789.png)
为了检查是否安装成功,我们在左下的面板上输入log(2)
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/5cd24f7188ecbd8d.png)
按下回车键后得到结果,安装成功。
![](https://img.haomeiwen.com/i7642199/82e596e2ae45b5c4.png)
下载安装篇告一段落。下一篇会和超级小白同学们用一个实例讲讲最基本的R语法,并画一张最简单的柱状图。
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