美文网首页
R:生信分析超级小白入门必看(1)--下载安装篇

R:生信分析超级小白入门必看(1)--下载安装篇

作者: APRIL_bioinfo | 来源:发表于2019-05-14 10:24 被阅读0次

    最近经常有同学跟我说他们知道R在微生物分析中很重要很好用,但是刚开始学习时毫无头绪,那么R在生信分析中要如何最快地上手以及应用呢?今天我就和大家聊聊我学习R的一些小经验,希望对自学R的小伙伴们有些些帮助。

    R是什么?

    R是用于统计分析、绘图十分好用的语言和操作环境。R的最强属性就是开源。因为开源,所以每个人都可以把自己开发的包(package)上传到R的社区中,以便后人使用。
    虽然R很好,但它的界 面还是不够user-friendly。这时候就需要介绍一下在windows上运行R程序必备的操作软件--RStudio!RStudio是一款R语言的IDE,它还具有调试、可视化等功能(等老板叫你无限调整图片细节的时候你就知道RStudio有多好用了!)。

    R在生信分析中的作用

    在生信分析中,R常用的有各种检验:t检验, wilcoxon秩和检验,相关性检验,anova......并且绝大多数统计分析在R中已经存在各式各样的包,有时甚至只需要一行代码就能解决复杂的分析问题。除此之外,R常用于作图:柱状图、箱形图,热图,NMDS,PCA等等。

    下载 R & RStudio

    R是RStudio的基础,必须先安装R,再安装RStudio。
    即使你只使用RStudio,还是必须先安装R。因为RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具,它自身并不附带R程序。

    安装R

    Step 1:打开R官网,点击download R


    Step 2:在一系列国家的镜像中找到China,并选择第一个清华的镜像

    Step 3:选择Download R for Windows

    Step 4:点击install R for the first time

    Step 5:点击下载最新版本的R

    Step 6:下载完成后双击安装即可
    安装RStudio

    Step 1:打开RStudio官网,点击Free下面的Download


    Step 2:点击下载Windows版本的RStudio

    Step 3:下载完成后双击安装即可

    检查是否安装成功

    打开R-Studio后是下面图片的样子,如果你打开后只有三个面板,这时你需要同时按住键盘上的 ctrl Shift n,这是打开新脚本的快捷键,今后你会无限用到它。
    这四个面板分别:左上用来写脚本,左下用来执行命令以及查看输出结果,右上的Enviroment是查看储存的变量,History是查看过往执行的命令是哪些,右下的Files是文本管理窗口,Plots是画图界面,Packages是包的管理窗口,Help用来查看帮助信息。

    为了检查是否安装成功,我们在左下的面板上输入log(2)


    按下回车键后得到结果,安装成功。

    下载安装篇告一段落。下一篇会和超级小白同学们用一个实例讲讲最基本的R语法,并画一张最简单的柱状图。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:R:生信分析超级小白入门必看(1)--下载安装篇

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/hxnaoqtx.html