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bam转fq文件 避坑

bam转fq文件 避坑

作者: bio_橡树 | 来源:发表于2022-09-06 13:04 被阅读0次

    网上主要有两种方法:

    1. bedtools 里的bamToFastq
      bamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq
    2. samtools bam2fq
      bam2fq XX.bam >xx.fq
      注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同(bedtools的结果reads数目是samtools的两倍)

    我的数据是三代hifi,用bedtools得到的fq跑出来的结果奇奇怪怪,但是samtools就是正常的,具体原因还需要详细了解,可能是bedtools更适合双端测序,三代还是用samtools吧,要不然后续会带来无尽的烦恼。

    这两天因为这个转换问题快被搞抑郁了。。因为输入文件的问题导致后续hifiasm组装出来的基因组比实际偏大,而且K-mer peak图奇奇怪怪(上),还好终于找到了原因,跑出了相对完美的峰图(下)。

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    嗐!搞生信真是每天踩一坑,坑坑不一样,有遇到类似问题的小伙伴儿可以参考。

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