记录：筛选写书工具的艰苦经历简要记录的自己尝试几种工具的艰苦努力，最后的结论是"Word + Calibre" 制造常用的电子书(DOCX, PDF, EPUB，MOBI和AWZ3等)还是够用的。
自己制作本地的Jupyter Book简单介绍了如何使用 Jupyter Book create 和 build 生成Web 书(当时是以 Python 语言为例)。
使用R BookDown 来写书 - PDF, EPUB和Web版。还是算了吧!记录了使用 R Bookdown 制作 PDF, EPUB和Web 书的经历。不过，R Bookdown 生成的 Web 书不支持交互式算法展示 - PageDown 想完成这一点。调试过程中的麻烦真是不能忍受 - 绝对不比写书得麻烦来的少！
想着 看到过 Jupyter Notebook 支持很多语言，所以，进一步试一试 Jupyter NoteBook 如何支持R。
需要设置Jupyter Notebook 以包含 R kernel
需要提前安装好 R 和 R Studio
建议将Conda 包源改成国内的源
在Conda Prompt 中conda install -c r r-irkernel安装 R Kernel
CondaInstallRKernel
进入 R CLI，运行IRkernel::installspec(user=FALSE)以设定全部用户可用
RKernelforAll
运行 Jupyter NoteBook，可以看到有了R Kernel 的支持
RKernelwithR
试试，支持了 R 代码 – 简单的可以
RKernelwithROk4Simple
但是，调用library 就不行了
试了很多方式，不是前面没安装好，其实就是没有那些library而已
RKernelwithRNotOk4Library
在 R Console 里走一遍那些命令
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
RInstallPackages
过程中弹出个窗口让你选择mirror – 我选了lanzhou。然后，很快就安装完了
RInstallPackagesDone
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') – 依赖Git 程序
安装完“Git-2.25.0-64-bit.exe”，再运行此命令就可以了
RInstallPackagesGithub
IRkernel::installspec() 和IRkernel::installspec(user = FALSE)都没成 – 就算了
简单的R 命令没问题，加载包就不行了。
开始还以为是加载 R Kernel 进 Jupyter Notebook
https://www.jianshu.com/p/8b90c2f12856
library("ggplot2")
ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg, color = cyl)) + geom_point() +
geom_smooth(method="lm") +
labs(main="Regression of MPG on Weight",
xlab="Weight", ylab="Miles per Gallon")
RLibraryNotOk
调用 library()，弹出了已安装的包，里面确实没有 ggplot2
RLibraryNotOkNoGGplot2
倒是有 datasets 包
RLibraryOkDatasets
RLibraryOkDatasetsIris
在 Jupyter NoteBook 中试下library(datasets) head(iris) – 可以的
RKernelinJupyterOkDatasetsIris
也就是在 R 中能运行的，在Jupyter Notebook 的 R kernel 中也能正常运行
查看R 支持的包是关键。那么，怎么添加一下包呢？
RKernelLibraries
RKernelLibrariesSources
Data.table 和 Ggplot2 的问题的解决 – 就是没有安装那些包而已
install.packages('data.table')
install.packages('scorecard') 就顺带安装了ggplot2
RKernelLibrariesscorecard
RKernelLibrariesscorecardwithggplot2
不过，上面是在R 程序里加载了 ggplot2, data.table等，还需要在 Anaconda 的 Jupyter 中的 R kernel 中也加载
在 R 程序加载了scorecard包后，Jupyter 的 R kernel 中是没有 的
RKernelNoDataTable
还得在 Anaconda Jupter 中也加载一遍
RKernelNoDataTableOk2
RKernelNoDataTableOk
RKernelNoDataTableOk4
然后，不用再启动 Jupyter 就能使用那些包了
RKernelNoDataTableOkJupyter
我按照前面最开始安装的 R Kernel 是 3.6.1 版本。而由上面的截图看，data.table 是 R 3.6.3 的。不过，仍然可行
library(data.table)
head(iris)
summary(iris)
RKernelNoDataTableOkJupyterIris
试试 Jupyter Book 来写R编程书 - 静态Web书没问题；交互？够呛！
开始应该还是 Jupyter Book 生成Demo
然后修改其中的配置和ipynb文件 - 不过，这时ipynb要New R Notebook - 然后执行一遍
JN-ExecRCells
Jupyter Book Build ，进而 bundle exec jekyll serve - 生成的静态Web还是不错的(跟Notebook的效果一致)
JB-RCellsStaticHTMLOk
但是，R代码交互就不成了 - "Waiting for kernel" ...
JB-RCellsInteractMode
JB-RCellsInteractModeRun
JB-RCellsInteractModeWaiting
应该是 Jupyter Book 默认只是连接Python kernel. R Kernel? 不知道呢！
JB-RCellsInteract-LostRKernel
查了很久，没有找到解决办法，觉得有必要提交给Jupyter Book 的开发人员 - 不过，不确定是否人家解决了
了解到: 有将ipynb提交至在线Jupyter Notebook Hub 或第三方的方案，不过，毕竟还是效率很低
问题1: 前面的 open(xxx,'rb')解决中文问题
问题2: 就是前面指出的"Jupyter Book不能使用R Kernel"
Jupyter Notebook 甚至支持同一个ipynb文件有不同语言的代码运行 - rpy2 - 备存
rpy2
https://cloud.google.com/ai-platform/notebooks/docs/r-python-same-notebook
Create a notebook for use with R and Python
To use rpy2 to work with both R and Python in the same notebook, create a Python 3 notebook. To create the notebook:
-
Go to the AI Platform Notebooks page in the Google Cloud Console.
-
Select Open JupyterLab for the R instance that you want to open.
-
Select File -> New -> Notebook. Select the Python 3 kernel for your new notebook.
Select File -> Rename notebook and change the name of the untitled notebook to something meaningful, such as "rpy2.ipynb."
The notebook is ready for you to import rpy2 and use R and Python in the same workbook.
Use rpy2 to import R objects
To import R objects with rpy2:
-
In the notebook's first code cell, enter the following:
import rpy2.robjects as robjects.
Enter the import statement in the first cell
-
Click the run button. Python imports rpy2's functions for accessing and manipulating R objects.
The run button
-
To add a code cell to the notebook, click the notebook's + button.
The + button
-
In the new code cell, enter the following:
pi = robjects.r['pi']. -
Click the run button. Python stores an R pi object.
-
To print the value of pi, in a new code cell, enter
pi[0]and click the run button.pi = robjects.r['pi'] pi[0]
Example
https://stackoverflow.com/questions/39008069/r-and-python-in-one-jupyter-notebook
Yes, it is possible! Use rpy2.
You can install rpy2 with: pip install rpy2
Then run %load_ext rpy2.ipython in one of your cells. (You only have to run this once.)
Now you can do the following:
Python cell:
# enables the %%R magic, not necessary if you've already done this
%load_ext rpy2.ipython
import pandas as pd
df = pd.DataFrame({
'cups_of_coffee': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9],
'productivity': [2, 5, 6, 8, 9, 8, 0, 1, 0, -1]
})
R cell:
%%R -i df -w 5 -h 5 --units in -r 200
# import df from global environment
# make default figure size 5 by 5 inches with 200 dpi resolution
install.packages("ggplot2", repos='http://cran.us.r-project.org', quiet=TRUE)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x=cups_of_coffee, y=productivity)) + geom_line()
And you'll get your pretty figure plotting data from a python Pandas DataFrame.
小结
R, RStudio 和 Jupyter R Kernel 是相互独立的
安装完毕后，Jupyter Notebook 对R的支持跟R Project 是一样的
使用 Jupyter Book 写 R 算法书：
静态Web版 - 跟Jupyter Notebook是一致的
但是，不能运行Web上嵌入的R代码 - 而嵌入Python时是可以的，虽然花的时间长些
关于写书和写论文
到目前为止，写书和论文的工具真是用了很多了，有如下的总结：
写书 - PDF, EPUB, AZW3, MOBI
我觉得还是 Word + Calibre 就可以了。
- 活用 Word 的大纲模式，就能够编纂页数很多的书(我编纂过仅2000页的书，没有问题)
- 要解决很多自动问题：图、表和公式的自动编码和引用，参考文献的自动引用等(已解决，另文撰述)
- Word 本身对PDF 的支持就很不错。
- 使用Calibre 导入 Word 文档，经过一些简单的设置就能够导出格式不错的EPUB，AZW3, MOBI等(参看)
不足的就是不能生成算法交互的Web。
写书 - 算法交互的Web书
觉得 Jupyter NoteBook 就可以了：能够支持很多语言。要做的就是讲对应语言的Kernel 加载进 Jupyter Notebook。
论文 - Word + LaTeX
- 中文论文，还是使用Word 吧。主要的挑战就是要解决图、表、公式的自动编号和引用，以及参考文献的格式和引用。
- 英文论文，自然是
不可。
网友评论