主成分分析(PCA)原理及其在生物信息中的应用
原理主要看下面这篇文章,讲得非常到位!还讲到了用R实现的方法(包括手动写代码和包装好的函数)
主成分分析(PCA)原理及R语言实现 | 降维dimension reduction | Principal component analysis - Life·Intelligence - 博客园
这篇文章讲得比较简洁,生物信息分析中常用到PCA的地方:
1)对样本进行质量控制,比如,看看RNA-seq的样本之间是否存在批次效应;
2)取出第一主成分中贡献度比较大的基因代替常见的差异表达分析;
3)降维可视化。
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