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miniconda安装 R指定版本

miniconda安装 R指定版本

作者: 嗷嗷叫的多多 | 来源:发表于2021-12-30 17:57 被阅读0次

    多数资料来自:conda管理生信软件一文就够 (qq.com)

    下载miniconda

    wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
    

    安装miniconda

    bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
    

    根据提示一步步安装即可:

    Please, press ENTER to continue
    >>> 
    # 此处直接点击enter即可
    
    ===================================
    Miniconda End User License Agreement
    ===================================
    .......
    # 这里点击好几次空格键,直到出现下面行
    
    Do you accept the license terms? [yes|no]
    [no] >>> 
    # 这里输入yes,点击enter
    # 如果输入错误,比如输入yess,又删除不了,此时你应该按enter,重新输入yes即可
    
    [/home/you/miniconda2] >>> /usr/local/software/miniconda
    # 遇到此处时,直接enter即可
    # 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径,可以直接更改安装位置
    
    installation finished.
    Do you wish the installer to initialize Miniconda2
    in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
    [no] >>> 
    # 这里输入yes
    # 刚开始学的人最好输入yes,目的是让conda自动给你配置环境变量
    # 输入yes的结果是:~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
    # less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下:
    # added by Miniconda2 4.5.12 installer
    .......
    
    Thank you for installing Miniconda2!
    # 出现这个代表安装成功
    
    # 执行下面语句
    source ~/.bashrc
    # 执行后,本身就是没有任何提示
    
    conda --help
    # 出现conda的帮助文档信息,即表明conda安装成功
    # 这里很重要,不管安装什么软件,都要检测是否安装成功!
    # 如下所示
    usage: conda [-h] [-V] command ...
    
    conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
    
    Options:
    ......
    
    # 继续调取conda子命令的帮助文档,如
    conda create --help
    conda install --help
    
    #配置镜像
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    conda config --show
    

    到这里,conda安装成功

    下面安装R4.1.2

    conda create -n R4.1.2
    # 创建一个小环境名为R4.1.2
    
    conda env list
    # 查看conda 小环境
    
    source activate rna
    # 激活小环境
    
    conda deactivate
    # 退出当前环境
    
    conda env remove --name R4.1.2
    # 移除环境
    
    # 在环境中安装软件
    conda info --envs # 查看环境
    conda list            #查看当前安装的软件
    conda install r-base==R4.1.2 #安装R语言
    conda install r-stringi # R包 以 r- 开头 
    

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