即使在荷兰，他也难免要受到老人的攻击，不是罗马教会攻击他，而是新教中的顽固人物攻击他，他的意见会导致无神论，倘若没有法国大使和奥伦治公出面干涉，恐怕他早受到迫害了，这回攻击既然失败，不几年后，莱顿大学当局又发起另一次不那么直接的攻击，他不问褒贬，一律禁止提笛卡尔。奥伦治公再一次插手干涉，叫来顿大学修要无知，这说明由于教会从属于国家，而且由于非国际性的教会力量比较薄弱，给新教国带来如何的利益。
不幸，笛卡尔通过法国驻斯德哥尔摩大使沙尼语和瑞典女王开始了书信往返。瑞典女王是一个热情而博学的贵妇，自以为她既然是君主，有权浪费伟人的时间，他寄赠他一篇关于爱情的论著，这是直到那时候他向来有些忽视的题目，他还送他一个论灵魂的种种炽情的作品，那是他原来被巴拉丁选侯的女儿伊丽莎白公主写的，为这两个作品，女王请求笛卡尔亲临他的宫廷，他最后同意了，于是她派一艘军舰去接他，结果原来是他想要每天听他讲课，但是除在早晨5:00以外，他又腾不出时间，在斯堪的纳维亚地方，冬日的寒气里，这种不习惯的起早对一个体质残弱的人就不是什么好事情，加上沙尼语又害了重病，因此笛卡尔去照料他这位大使健康复原，但是笛卡尔却病倒了，1650年2月，长辞人世。
笛卡尔一直未结婚，但是他有一个私生女儿，五岁死去，他讲这是他平生最大的悲伤。他永远衣冠楚楚配挂一柄宝剑，笛卡尔不是勤奋的人，他工作的时间很短，也少读书，他到荷兰去的时候随身没携带多少书籍，但是在带去的书里面有圣经和阿奎纳的著作。笛卡尔的工作仿佛是在短时间精神非常集中下做出来的，但是也许他为了维持绅士派业余哲学家的面貌，假装比实际上工作的少。以为可知因为否则他的成就似乎让人很难相信。
笛卡尔是哲学家，数学家也是科学家，在哲学和数学上他的工作重要无比，在科学方面成绩虽然也值得称道，总不如同时代有些人的好。
他对几何学的伟大贡献是发明坐标几何。固然还不完全是最后形式的坐标，几何他使用了解析方法，解析方法是先假定问题已然解决，在审查时假定的种种结论，他并且把代数应用到几何学上，这两件事在他以前都曾经有人做过，关于前者，甚至在古代也找得到做过的人，它的首创在于使用坐标系，就是用平面上一点到两条固定直线的距离来确定这一点的位置，笛卡尔本人并没发现这个方法的全部力量，但是他的工作足以为进一步的发展铺平道路，这绝非他对数学的唯一贡献，却是最伟大的贡献。
他讲述了自己的大部分科学理论的书，是1644年出版的哲学原理，不过还有一些其他重要书籍。哲学文集讨论几何学，也讨论光学，在他写的书里有一本叫论胚胎的形成，他欢迎哈维关于血液循环的发现，一直总希望自己在医学方面做出什么重大发现。笛卡尔把人和动物的肉体看成机器，动物在他看来是完全受物理定律支配，缺乏情感和意识的自动机，人则不同人，有灵魂，他蕴藏在松果腺内，在这里灵魂与生命精气发生接触，通过这种接触灵魂和肉体之间起相互作用，宇宙中的运动总量有一定，所以灵魂影响不了它，但是灵魂能改变生命精气的运动方向，因而间接的能够改变肉体其他各部分的运动方向。
笛卡尔的这部分理论，被他的学派中的人废弃了，起先他的荷兰门徒格令科斯，后来马勒伯朗氏和施宾诺莎都把它舍掉。物理学家发现了动量守恒，按动量守恒讲，在任何已知方向，全宇宙的运动总量是有一定的，这表示根本不会有笛卡尔所想象的精神，对物质的那种运动假定一切物理作用都带碰撞性质，动力学定力定律，足够确定物质的运动精神的什么影响，完全没有插足余地。可是这引起一个困难，我决意要手臂动时手臂就动，然而我的意志是精神现象，我的手臂动却是物理现象，那么假如精神和物质不能相互作用，配合我的肉体，俨然向我的精神支配着它在运动，对这个问题革令克斯发明了一个答案，统称二时钟说。假定你有两个都十分准确的钟，每当一个钟的针指整点，另一个钟就要鸣响报时，因此倘若你眼看着一个钟耳听另一个钟的响声，你会以为这个钟促使那个钟打点，精神和肉体也如此，各自由神上紧弦！上紧弦彼此步调取一致，所以当我起意志作用的时候，尽管我的意志并未实在作用于我的肉体，纯物理的定律促使我的手臂运动。
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