2023-07-05 | conda包环境迁移 + 不联网服务器

1.先安装conda-pack，it installed from PyPI

pip install conda-pack

2.1在源机器上打包

# on the source machine
conda pack -n my_env

2.2在目标机器上安装

# 随便找个地方创建个目录，然后将打包后文件解压到新目录里
mkdir -p my_env
tar -xzf my_env.tar.gz -C my_env

2.3激活环境使用

source my_env/bin/activate  

这一步和之前在conda环境里稍有不同，之前是 conda activate my_envs，这里因为conda pack的原因在bin目录下多出来了 activte 和 deactivate ，通过source这两个来控制环境的开启和退出

问题

error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory

当我激活后使用软件时，发现说缺少了共有库，此时我查看我的lib目录，发现之前安装时链接的源机器的库，在新机器上是没有了，不用慌，只需要将源机器上的库下载到本地，再上传到新机器上，重新链接一下就可以了

my_env --help

Usage: my_env [OPTIONS] --bam <file1[,file2,...]> --ref <reference.fa> --regions <regions.bed> --out <outprefix> 

感觉也算是提供了一种在不联网机器上安装软件的思路，先在联网机器（自己的笔电等）
先用conda解决环境依赖问题，然后打包，最后链接几个共享库就可以了