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生信入门-GEO学习

生信入门-GEO学习

作者: 八段锦1134 | 来源:发表于2020-12-26 00:00 被阅读0次

用探针的表达量来反映基因的表达量。

知识点

1、GEO Datasets包括:

  • 样本:以GSM开头
  • 平台(手段):GPL,测序使用的芯片/平台
  • 系列:GSE开头,一个完整的研究描述
    GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由NCBI创建并维护的基因表达数据库,里面的临床信息最多。
    2、画热图时,注意让数据标准化,这样显示出的样本与样本之间的差异会更明显,数据的排列以每一列是一个样本,每一行是一个指标来进行,则scale(row)。

分析的基本流程

下载数据(表达矩阵、分组信息、探针与基因的对应关系)----初步的数据探索,看看数据是否可用(处理组与对照组之间是否有差异:PCA图、热图)----limma差异分析及可视化:拿到p值和logFC,做火山图、热图----富集分析KEGG、GO

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