这样的物种内共线性图，很简单

1.首先打开TBtools-Advanced Circos，你会发现总共需要三个文件

2.文件准备：

第一个文件：

保存为

第二个文件：

将上述共线性分析结果collinearity，转换成GenePairTable

此处的gff文件是特定的4列，以下文件中均是此文件  。4列：

第一列染色体编号；

第二列基因ID；

第三列起始位点；

第四列终止位点。

第三个文件：

Gene family内部复制的基因还没有高亮，所以需要提取相关基因对

WERT是基因家族；set Condition Text放入的是基因家族ID；做的时候换成自己的即可

我们使用Excel打开原来的LinkedRegion文件，使用Excel也打开刚才WRKY的LinkedRegion文件，在最后增加一列颜色的RGB代码之后，添加到原来的LinkedRegion文件的上方（颜色换为255，123，123；这是红色，也可以自己在调整为炫酷的颜色）

还差一些文本标签（Gene ID）

ID是自己基因家族的

3.出图：所有得到的文件，放到TBtools里面

点击Start之后，得到这个图，你会发现还是不够（其实共线性已经出来了，只需要简单调整一下就好了），但是为了炫酷，再加一个文件

4.加入三个相同的基因密度文件

那么问题来了，基因密度文件哪儿来的？

继续回到刚才密度文件

自行调整参数

出图

找到自己的串联复制基因对，标注颜色

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