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图(1)

图(1)

作者: BioLearner | 来源:发表于2022-03-23 15:09 被阅读0次

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    1、介绍
    2、图表示的选择

    1、介绍

    1、为什么图深度学习困难?相较于传统图像,图深度学习更困难:

    • 任意大小和任意复杂的拓扑结构

    • 没有图像或文本中的空间局部性。图像中知道上下左右,文本中知道左右。但在networks中,没有空间局部性。

    • 没有参考点,没有固定的节点排序。通常networks是动态的,具有多模型特征。

    2、目标

    对network建模。

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    自动提取或学习图的特征。学习网络,将nodes映射至d-dimensional embeddings。

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    3、若干内容

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    4、任务类型以及经典图机器学习任务

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    5、应用案例1、Nodel-level task:预测蛋白质3维结构 2、Edge-level task:推荐系统、药物混合使用的副作用预测3、Subgraph-level task:交通预测(预测行程所花时间)4、Graph-level task:药物发现、物理模拟

    2、图表示的选择

    1、定义图图由节点和边组成。核心选择:nodes代表什么,links代表什么。

    图片 image.gif

    2、有向图和无向图

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    3、异构图

    Node具有node type,edge具有relation type

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    比如下面的两个图就是异构图

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    4、节点度

    无向图:与节点相连的边的数目。因为一条边连接两个节点,所有average degree为 2*edge数目 / node数目
    有向图:一个节点的入度表示该节点作为边的终点数目;一个节点的出度表示该节点作为边的起点的数目;一个节点的总的度表示该节点的入度与出度之和。

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    5、二部图

    二部图(Bipartite Graph)是图论中的一种模型,图的顶点集V可以分割成两个互不相交的子集,图中每条边两端的顶点都属于不同的两个子集,并且同一个子集中的顶点不相邻。二部图出现在不少实际情况中,例如研究者和研究课题可以看做是两个不相交的子集,而研究者和研究课题间可以形成联系;议员与议案之间也存在类似的关系。

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    根据二部图中的links,二部图中每个子集可以单独形成“Folded” networks,比如1和2和3都linkA,2和5都linkB。

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    6、表示图

    邻接矩阵无向图邻接矩阵中Aij为1表示node i和node j之间有link,否则Aij为0。有向图邻接矩阵中Aij为1表示以node i为起点link到终点node j,Aij为0表示node i和node j之间无link。对于无向图,邻接矩阵(下图左)是对称的;对于有向图,邻接矩阵不是对称的。

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    对于无向图,一行之和或一列之和就是节点的度。对于有向图,一行之和是节点的出度,一列之和是节点的入度。

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    邻接矩阵是非常sparse稀疏的,被很多0填充着,现实世界中的网络也是非常稀疏的。比如中国人friends网络,有14亿*14亿种可能,但是每个人不可能有14亿个朋友。

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    Edge list

    用一组边表示图 图片

    Adjacency邻接 list

    存储每个节点的所有邻居

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    7、节点和边的属性

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    8、更多类型的图

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    Multigraph的edges,比如node2到node4的三条边可能有不同的性质或属性。
    下面的图在现实中出现的频率更高。

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    9、无向图的连通性

    无向图可以分为连通图和非连通图。
    在无向图中, 若从顶点v1到顶点v2有路径, 则称顶点v1与v2是连通的。如果图中任意一对顶点都是连通的,则称此图是连通图。

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    10、有向图的连通性

    强连通和弱连通的概念只在有向图中存在。强连通图:在有向图中, 若对于每一对顶点v1和v2, 按照图中方向,都存在一条从v1到v2和从v2到v1的路径,则称此图是强连通图。弱连通图:将有向图的所有的有向边替换为无向边,所得到的图称为原图的基图。如果一个有向图的基图是连通图,则有向图是弱连通图。

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