R语言运行linux代码

作者: 落寞的橙子 | 来源:发表于2019-11-10 04:20 被阅读0次

很简单,写出你的代码,然后用system调用即可,有点像linux的echo。
我的一个例子:

myfasta = list.files(pattern="*.fa")
for (i in myfasta){
  prefix<-strsplit(i, split = ".fa")[[1]][1]
  command<-paste0("cd ",sof_dir," && python ./bin/CPC2.py -i ",data_dir,i," -o ",out_dir,prefix,".txt")
  system(command)
}

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