babelgene：满足你对基因互转的所有想象

前言
在日常分析中，我们经常会遇到对同一物种基因ID和symbol之间的互转，或者是不同物种之间同源基因的互转。虽然目前已经有几个包，比如：biomaRt，easyConvert和org.Hs.eg.db系列，或者之间进入Ensemble数据库查询。但是上述包在使用时，都有各种各样的问题，如biomaRt对网络依赖很大，org.Hs.eg.db会丢失很多基因等。那么今天Immugent就来给大家介绍一款新的R包--babelgene。

废话不多说，下面开始展示...

代码流程
安装babelgene包+小试牛刀。。。

install.packages("babelgene")
library(babelgene)

orthologs(genes = c("TP53", "EGFR", "IL6", "TGFB1", "CD4"), species = "mouse")
#>   human_symbol human_entrez   human_ensembl taxon_id symbol entrez
#> 1          CD4          920 ENSG00000010610    10090    Cd4  12504
#> 2         EGFR         1956 ENSG00000146648    10090   Egfr  13649
#> 3          IL6         3569 ENSG00000136244    10090    Il6  16193
#> 4        TGFB1         7040 ENSG00000105329    10090  Tgfb1  21803
#> 5         TP53         7157 ENSG00000141510    10090  Trp53  22059
#>              ensembl
#> 1 ENSMUSG00000023274
#> 2 ENSMUSG00000020122
#> 3 ENSMUSG00000025746
#> 4 ENSMUSG00000002603
#> 5 ENSMUSG00000059552
#>                                                                                         support
#> 1 EggNOG|Ensembl|HGNC|HomoloGene|Inparanoid|NCBI|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#> 2 EggNOG|Ensembl|HGNC|HomoloGene|Inparanoid|NCBI|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#> 3                Ensembl|HGNC|HomoloGene|Inparanoid|NCBI|OMA|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#> 4 EggNOG|Ensembl|HGNC|HomoloGene|Inparanoid|NCBI|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#> 5 EggNOG|Ensembl|HGNC|HomoloGene|Inparanoid|NCBI|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#>   support_n
#> 1        12
#> 2        12
#> 3        10
#> 4        12
#> 5        12

默认情况下，输入基因是人类的。大家也可以使用human参数指定输入基因是否为人类。

orthologs(genes = "Pu", species = "fruit fly", human = FALSE)
#>   human_symbol human_entrez   human_ensembl taxon_id symbol entrez     ensembl
#> 1         GCH1         2643 ENSG00000131979     7227     Pu  37415 FBgn0003162
#>                                                                               support
#> 1 EggNOG|Ensembl|HomoloGene|Inparanoid|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|PhylomeDB|Treefam
#>   support_n
#> 1        10
也可以通过NCBI Entrez或Ensembl id而不是基因名进行搜索。

orthologs(genes = "ENSG00000111640", species = "mouse", human = TRUE)
#>   human_symbol human_entrez   human_ensembl taxon_id symbol entrez
#> 1        GAPDH         2597 ENSG00000111640    10090  Gapdh  14433
#>              ensembl
#> 1 ENSMUSG00000057666
#>                                                             support support_n
#> 1 Ensembl|HGNC|HomoloGene|NCBI|OMA|OrthoDB|OrthoMCL|Panther|Treefam         9

最后，我们来看一下babelgene包都包含哪些物种吧。

species()
#>    taxon_id                 scientific_name
#> 1     28377             Anolis carolinensis
#> 2      9913                      Bos taurus
#> 3      6239          Caenorhabditis elegans
#> 4      9615          Canis lupus familiaris
#> 5      7955                     Danio rerio
#> 6      7227         Drosophila melanogaster
#> 7      9796                  Equus caballus
#> 8      9685                     Felis catus
#> 9      9031                   Gallus gallus
#> 10     9544                  Macaca mulatta
#> 11    13616           Monodelphis domestica
#> 12    10090                    Mus musculus
#> 13     9258        Ornithorhynchus anatinus
#> 14     9598                 Pan troglodytes
#> 15    10116               Rattus norvegicus
#> 16     4932        Saccharomyces cerevisiae
#> 17   284812 Schizosaccharomyces pombe 972h-
#> 18     9823                      Sus scrofa
#> 19     8364              Xenopus tropicalis
#>                                                                common_name
#> 1                                              Carolina anole, green anole
#> 2  bovine, cattle, cow, dairy cow, domestic cattle, domestic cow, ox, oxen
#> 3                                                                     <NA>
#> 4                                                                dog, dogs
#> 5                        leopard danio, zebra danio, zebra fish, zebrafish
#> 6                                                                fruit fly
#> 7                                            domestic horse, equine, horse
#> 8                                                  cat, cats, domestic cat
#> 9                             bantam, chicken, chickens, Gallus domesticus
#> 10          rhesus macaque, rhesus macaques, Rhesus monkey, rhesus monkeys
#> 11                                               gray short-tailed opossum
#> 12                                                      house mouse, mouse
#> 13                       duck-billed platypus, duckbill platypus, platypus
#> 14                                                              chimpanzee
#> 15                                        brown rat, Norway rat, rat, rats
#> 16                            baker's yeast, brewer's yeast, S. cerevisiae
#> 17                                                                    <NA>
#> 18                                             pig, pigs, swine, wild boar
#> 19                               tropical clawed frog, western clawed frog

可谓是应有尽有，包罗万象了！

说在最后
babelgene包使用起来非常轻便，而且涵盖的物种也比较全，基本上可以满足我们各种基因ID的转化需求。有需要的小伙伴赶紧用起来吧！

好啦，本次分享到这里就结束了，我们下次再会~~~