直接上一个例子
rule f_cut_sort:
input:
rules.e_awk.output
output:
"{sample}/qry.aln.bed"
threads:
1
# params:
# r"'{if ($2>$3) print $1"\\t"$3"\\t"$2; else print }'"
shell:
"""
cut -f 4-6 {input} | awk '{{if ($2>$3) print $1"\\t"$3"\\t"$2; else print }}' | sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n > {output}
"""
如果有大括号，就用两个，
制表符需要用两个斜杠\\t
换行符\n也是这样
单引号和双引号 正常写就行
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本文标题：snakemake学习笔记杂记：shell命令里有大括号，制表符
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