snakemake学习笔记杂记：shell命令里有大括号，制表符

直接上一个例子

rule f_cut_sort:
    input:
        rules.e_awk.output
    output:
        "{sample}/qry.aln.bed"
    threads:
        1
    # params:
    #     r"'{if ($2>$3) print $1"\\t"$3"\\t"$2; else print }'"
    shell:
        """
        cut -f 4-6 {input} | awk '{{if ($2>$3) print $1"\\t"$3"\\t"$2; else print }}' | sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n > {output}
        """

如果有大括号，就用两个，

制表符需要用两个斜杠\\t
换行符\n也是这样

单引号和双引号 正常写就行