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BWA学习笔记之utils

BWA学习笔记之utils

作者: xuzhougeng | 来源:发表于2020-03-21 20:53 被阅读0次

utils.c和utils.h里存放的是一些文件打开关闭常用函数,在C语言标准库的函基础上增加异常检查退出功能

这部分涉及两个文件utils.c和utils.h, 其中utils.c还会额外导入ksort.h和kseq.h, 主要定义了和文件打开相关的函数

下面的函数是C自带函数加入了异常判断的改进版, 对应去掉err_前缀的函数

  • err_fwrite
  • err_fread_noeof
  • err_gzread
  • err_fseek
  • err_rewind, 封装了 err_fseek
  • err_ftell
  • err_fprintf
  • err_printf
  • err_fputs
  • err_puts
  • err_fflush
  • err_fclose
  • err_gzclose

我们以err_fwrite为例,原函数fwrite会返回写出的数据量大小,如果写出的实际大小和我们预期的大小不符合就需要跳出异常

size_t err_fwrite(const void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream)
{
    size_t ret = fwrite(ptr, size, nmemb, stream);
    if (ret != nmemb)
        _err_fatal_simple("fwrite", strerror(errno));
    return ret;
}

异常相关函数

  • err_fatal: 异常后退出,输出信息多 导致正常进程中止
  • err_fatal_core: 异常后中止,输出信息多,导致异常的进程中止
  • _err_fatal_simple: 异常后退出,输出信息少, 导致正常进程中止
  • _errfatal_simple_core: 异常后中止,输出信息少,导致异常的进程中止
  • err_fatal_simple, 封装了_err_fatal_simple
  • err_fatal_simple_cores 封装了_err_fatal_simple_core
  • xassert 封装了_err_fatal_simple_core

文件打开函数,能够自动处理管道输入和输出

  • err_xopen_core: 打开普通文件
  • err_xreopen_core: 重新打开普通文件
  • err_xzopen_core: 打开压缩文件
  • xopen 封装了err_xopen_core
  • xreopen 封装了 err_xreopen_core
  • xzopen 封装了 err_xzopen_core

我们以err_xopen_core为例

FILE *err_xopen_core(const char *func, const char *fn, const char *mode)
{
    FILE *fp = 0;
    if (strcmp(fn, "-") == 0)
        return (strstr(mode, "r"))? stdin : stdout;
    if ((fp = fopen(fn, mode)) == 0) {
        err_fatal(func, "fail to open file '%s' : %s", fn, strerror(errno));
    }
    return fp;
}

根据ksort.h里的宏初始化两个排序函数

  • ks_introsort_64
  • ks_introsort_128

定义了两个定时函数,分别是cputime 和 realtime

此外还定义了一个哈希函数,

static inline uint64_t hash_64(uint64_t key)
{
    key += ~(key << 32);
    key ^= (key >> 22);
    key += ~(key << 13);
    key ^= (key >> 8);
    key += (key << 3);
    key ^= (key >> 15);
    key += ~(key << 27);
    key ^= (key >> 31);
    return key;
}

如何在自己的项目中使用utils.h, 也就是替换原来的一些函数而已。

#include "utils.h"

int main(int argc, char const *argv[])
{
    FILE *fn;
    fn = xopen(argv[1], "w");
    fprintf(fn, "hell world !\n");
    err_fclose(fn);

    return 0;
}

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