一. BWA下载安装

  wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.15.tar.bz2
  tar -jxvf bwa-0.7.15.tar.bz2
  cd bwa-0.7.15
  make 

二.BWA SYNOPSIS语法

image.png

三.bwa的使用需要的两种输入文件格式：

Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna）
Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)

四.BWA简单操作方法之一

                        （以GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic为例）
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/009/725/GCA_000009725.1_ASM972v1/GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
#从网站上下载GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
gunzip GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
#解压
mkdir ~/Seqs/bwa_test2
#创建目录
cp GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna Seqs/bwa_test2
#将解压后的文件拷贝到Seqs/bwa_test2
cp test_* bwa_test2/
#将该目录(Seqs)下test_开头的文件(提前下载的)拷贝到Seqs/bwa_test2
bwa index GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna
#建立 Index File
bwa mem GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz > test_bwa_7942.sam
#read比对到参考序列
less test_bwa_7942.sam
#查看

五.Bowtie2下载安装

sudo apt-get install bowtie2

六.参数

image.png image.png

七.Bowtie2简单操作方法之一

                       （以GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic为例）
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/009/725/GCA_000009725.1_ASM972v1/GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
#从网站上下载GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
gunzip GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna.gz
#解压
mkdir ~/Seqs/bt2_test2
#创建目录
cp GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna Seqs/bt2_test2
#将解压后的文件拷贝到Seqs/bwa_test2
bowtie2-build GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic.fna GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic
#生成文件 [    ].bt2 
bowtie2 -x GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic SRR51761.sra.test.fastq.gz -S SRR5176531.sam
#reads比对
less SRR5176531.sam
#查看

八.比较

BWA的准确率高，是SNP分析的首选比对软件。
而Bowtie借着其算法上的优势，在运算速度上一举成名。如果对速度的要求高于准确率的时候，bowtie就成了不二选择。bowtie被广泛地应用于ChIP-seq, RNA-seq的分析当中。