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暑期培训TBtools配置相关调整(win和macOS)

暑期培训TBtools配置相关调整(win和macOS)

作者: 生信石头 | 来源:发表于2019-07-15 20:01 被阅读0次

    无论是windows或者macOS用户,安装和配置完成TBtools之后,在About菜单下,点击Check Dependency菜单,查看是否全部依赖均已解决。

    写在前面

    昨天整理的macOS和windows下完整配置TBtools依赖的办法,不过今天在70+个人的测试下(其中10+位macOS用户),发现存在一些问题,当然多半是昨天流程整理是没有经过二次测试。经过今天的整理,需要做的具体调整如下

    macOS用户安装指南调整

    注意,现在TBtools已经有Mac安装器,故本教程已经作废。

    第零
    安装所有依赖之前,先移动MacDependency到自己喜欢的目录,在从终端切换到该无目录下进行安装

    第一,MEME安装中
    调整三处代码如下

    tar zxf meme_5.0.4.tar.gz
    # 之前有一个“换行”丢失
    # cd meme_5.0.4 ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
    # 现在变成两行
    cd meme_5.0.4
    ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
    # ./confure运行时也可能报错,那么就在最前面添加 sh 如下
    /bin/sh ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
    # 如果是权限问题,那么就先 sudo -s
    make
    make install
    # 设置到环境变量
    # 之前有一个“echo ”丢失
    # export PATH=$HOME/meme/bin:$PATH >> ~/.profile
    # 现在补充如下 20190715更新
    echo export PATH=$HOME/meme/bin:$PATH >> ~/.profile
    cd ..  # 回到MacDependency目录
    

    第二,hmmer安装中
    执行的过程中,运行到make check会报错,无需理会,直接执行剩下的命令

    tar zxf hmmer.tar.gz
    cd hmmer-3.2.1
    ./configure
    make
    make check  # 此处运行后会报错,无需理会
    make install
    (cd easel; make install)
    cd ../.. # 回到MacDependency目录
    

    第三,MCScanX安装中
    Xcode似乎在目前常见的MacOS版本已经不会再出问题
    针对昨天的流程,我们增加一行代码

    unzip MCScanX.zip
    cd MCScanX
    ### 增加如下一行
    perl -i -pe 'print qq{#include <unistd.h>\n} if $count++==0;$count=0 if eof(ARGV)' msa.h dissect_multiple_alignment.h detect_collinear_tandem_arrays.h
    make
    echo export PATH=`pwd`:\$PATH >> ~/.profile
    cd .. # 回到MacDependency目录
    

    最后,打开TBtools的推荐姿势
    建议增加一行代码

    source ~/.profile
    java -Xmx2G -jar 路径到TBtools.jar
    

    windows用户安装指南调整

    在windows下使用TBtools_XXX.exe安装器安装,多数情况下会正常。如果发现确实存在依赖没有解决,那么考虑将TBtools主目录下的bin目录添加到系统变量,大体如下:


    点击确定,点击应用,点击确定,

    最后,有必要就重启电脑,尤其是win10用户。

    写在最后

    祝大家暑期快乐

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