安装使用QTL-seqr

作者: chaimol | 来源:发表于2018-11-09 08:44 被阅读52次

QTL-seqr是一个R包。官方文件地址
qtl-seqr参数详解
安装流程
在R环境里

installed.packages(“devtools”)   #安装devtools
library(devtools)
install_github("bmansfeld/QTLseqr") #使用devtools安装QTLseqr

目前版本号:QTLseqr v0.7.3

#load the package
library("QTLseqr")

#Set sample and file names
LowBulk <- "119-8"
HighBulk <- "2447-20"
file <- "common.table"

#Choose which chromosomes will be included in the analysis (i.e. exclude smaller contigs)
Chroms <- paste0(rep("", 10), 1:10)

#Import SNP data from file
df <-
    importFromGATK(
        file = file,
        highBulk = HighBulk,
        lowBulk = LowBulk,
        chromList = Chroms
     )

#Filter SNPs based on some criteria
df_filt <-
    filterSNPs(
        SNPset = df,
        refAlleleFreq = 0.20,
        minTotalDepth = 100,
        maxTotalDepth = 400,
        minSampleDepth = 40,
        minGQ = 99
    )


#Run G' analysis
df_filt <- runGprimeAnalysis(
    SNPset = df_filt,
    windowSize = 1e6,
    outlierFilter = "deltaSNP")

#Run QTLseq analysis
df_filt <- runQTLseqAnalysis(
    SNPset = df_filt,
    windowSize = 1e6,
    popStruc = "F2",
    bulkSize = c(30, 30),
    replications = 10000,
    intervals = c(95, 99)
)

#Plot
plotQTLStats(SNPset = df_filt, var = "Gprime", plotThreshold = TRUE, q = 0.01)
plotQTLStats(SNPset = df_filt, var = "deltaSNP", plotIntervals = TRUE)

#export summary CSV
getQTLTable(SNPset = df_filt, alpha = 0.01, export = TRUE, fileName = "my_BSA_QTL.csv")

相关文章

  • 安装使用QTL-seqr

    QTL-seqr是一个R包。官方文件地址qtl-seqr参数详解安装流程在R环境里 目前版本号:QTLseqr v...

  • 安装使用QTL-seqr

    QTL-seqr是一个R包。官方文件地址qtl-seqr参数详解安装流程在R环境里 目前版本号:QTLseqr v...

  • 基因组分析

    bwa 安装 使用 Samtools 安装 使用 Picard 安装 使用

  • 版本切换/安装指定版本

    使用 yarn 安装 CLI OR使用 npm 安装 CLI OR 安装了 cnpm,使用 cnpm 安装 CLI

  • SwiftLint 使用

    SwiftLint:源码 安装配置 使用 Homebrew 安装 使用 CocoaPods 安装 使用安装包 Sw...

  • Dva-TypeScript环境搭建

    一、安装 typescript (推荐使用全局安装) 二、安装 dva-cli(使用全局安装) 三、使用 dva-...

  • Ubuntu 14.04以上版本安装Docker和k8s

    使用阿里源安装Docker 使用官方脚本自动安装 手动命令行安装 安装校验 使用ustc源安装k8s 使用如下命令...

  • 使用partialzip下载kernelcache

    安装 首先安装partialzip,使用npm安装即可,记得使用全局安装. 如图,我使用的 ,安装完成后输入 查看...

  • Gulp学习

    postcss使用笔记 安装 使用 jshint 安装 使用 建立配置文件 .jshintrc ESlint 安装...

  • 安装obspy后python解释器找不到matplotlib

    问题描述 安装obspy之前使用pip安装了matplotlib 【使用anaconda安装环境】 使用conda...

网友评论

    本文标题:安装使用QTL-seqr

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/irlnxqtx.html