InterProScan 最强基因功能注释软件 - 最简流程代码

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-04-18 21:26 被阅读0次

基因功能注释
interproscan 安装及运行错误调试
软件建立的步骤
KEGG pathway 注释整理
「蛋白注释」- 批量InterProScan注释
GO注释结果整理
非模式物种的GO富集分析
De novo 基因组GO 注释小窗口
metascape
基因功能注释

参考官方文档，目前 Interproscan 本地版几乎免安装，自带数据库，使用简单。

下载与安装

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cd /home/public/tools

wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.61-93.0/interproscan-5.61-93.0-64-bit.tar.gz
tar -pxvzf interproscan-5.61-93.0-*-bit.tar.gz
cd interproscan-5.61-93.0
export PATH=`pwd`:$PATH

注意到软件依赖 Java11 或者以上

export PATH=/home/public/tools/jdk-17.0.1/bin:$PATH

使用软件

mkdir anno.dir

蛋白序列

interproscan.sh -cpu 40 -d anno.dir -dp -i protein.fa

核酸序列

interproscan.sh -cpu 40 -d anno.dir -dp -t n -i transcripts.fa

几个参数：

-cpu 线程数
-d 输出目录
-dp 不使用已有计算结果（似乎是需要联网？）
-i 用于注释的序列

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