美文网首页生信转录组组装
FancyHeatmap - 基因表达量探索浏览器支持SVG输入

FancyHeatmap - 基因表达量探索浏览器支持SVG输入

作者: 生信石头 | 来源:发表于2019-10-08 19:08 被阅读0次

写在前面

很久以前,我们推出《热图,还只会用方格子?@所有人,论文热图升阶的时候到了!》这一功能。目前已有一定的用户量。


这种表达展示方式最大的好处是,为大脑提供降维解读,直观查看基因在不同组织或者不同时期的表达量。【注:具体降维能力基于用户使用的文件】。
前述,这一功能确实已经有不少用户,但相信多数人已经发现,这一工具:
  1. 只接受TGA格式的图像文件(无损),为位图,无法较好地支持随意的缩小放大,不够自由
  2. 即使图片保存在PDF或者SVG等矢量图格式,那么结果并没有改变,热图仍然为位图(png),当然,事实上足够清晰,可以用于发表。

但,总的来说,后期图形的编辑能力丢失(我们提供的准备TGA文件的流程),所以,支持矢量图导入 / 导出是我们相对关心的事情之一。这也是我早已有的想法,将svg转换为JIGplot元件,只要做到这一点,那么其实后期可以做的事情很多,甚至我们可以给他增加交互动作,比如点击弹窗,鼠标悬浮显示信息。

同时支持SVG和TGA图像的FancyHeatmap

更新后的版本,在同一个输入界面,如果是输入TGA,那么一切表现与之前完全相同。但是如果你使用了.svg文件作为输入,那么TBtools会先将SVG文件转换为JIGplot对象,保存于内存。


这种做法的好处在于,后续的响应更快,尤其是在切换不同基因查看表达量时。
此外,一旦我们将图形元件化之后,我们得到了另一个操作的灵活性,可以增加一些交互,如下:

当我们鼠标移动到某一个特定组织时,悬停,那么会弹出具体的基因和表达量数值
当然,这种情况下,无论如何缩放,都不会有TGA输入时的尴尬(虽然最终保存位图时没有太大问题,不过查看时还是不够爽)。【左侧SVG导入导出,右侧TGA导入SVG导出】

当然,其实最大的好处,或许是保存成PDF或者svg时,是完全的矢量图。【左侧TGA导入SVG导出,右侧SVG导入导出】

得到这个结果,那么我们可以做更多的事情,比如修改文字,旋转,倾斜...后期需要换个方式摆图...就不用修改之前的图片,等等....

写在最后

积跬步,以致千里。
I'm a slow walker, but I never walk back. 事实上,我清楚我自己的智商,我也看到很多人的智商,我们都不是聪明人。但,只要你持续地积累,那么就会有意想不到的结果。

相关文章

  • FancyHeatmap - 基因表达量探索浏览器支持SVG输入

    写在前面 很久以前,我们推出《热图,还只会用方格子?@所有人,论文热图升阶的时候到了!》这一功能。目前已有一定的用...

  • FancyHeatmap,支持输出嵌入网站了!

    开篇主题,FancyHeatmap支持HTML输出,可嵌入已有数据库浏览器框架! 写在前面 FancyHeatma...

  • 热图参数

    scale,是指对数值进行均一化处理,在基因表达量的数据中,有些基因表达量极低,有些基因表达量极高,因此把每个基因...

  • 勇敢跳进igv安装的坑

    引用豆豆的一段什么是IGV它是一款本地的探索基因组数据的可视化浏览器,有多个系统版本,支持多种不同类型的输入格式,...

  • 检试浏览器类型常用代码

    检测是否是微信浏览器 js判断是否移动端及浏览器内核 检测浏览器是否支持svg 检测浏览器是否支持canvas

  • 32统计基础- 分位数和百分位数

    我们共检测了15个基因的表达。这是中位数,50%的基因表达量较高,50%的基因表达量较低。中位数(median)是...

  • 2018-11-15

    svg SVG 在HTML页面中怎样使用? (1)使用 标签 : 优势:所有主要浏览器都支持,并允许使用脚本 ...

  • svg基础

    随着各大浏览器对svg标准支持的越来越完备,svg在网页及移动端成为了前端工程师们的首选。 svg 基础形状 sv...

  • R语言中级作业

    主要内容 探针ID转换 表达矩阵处理 任意基因任意癌症表达量和临床形状的关联 任意基因任意癌症表达量分组的生存分析...

  • 11 ID转换——表达矩阵的整理

    cleaning 选择表达量最大的基因 去除没有注释的数据集 相同基因的表达数据取最大值 选择表达量最大的探针wh...

网友评论

    本文标题:FancyHeatmap - 基因表达量探索浏览器支持SVG输入

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/duvvpctx.html