反季节蔬菜遭遇病虫害的机会更多，因为蔬菜容易对大棚内环境水土不服。而且其花期、坐果、成熟都为人工控制，所以安全性保障难度大，使用激素、过度使用化肥和农药是难以控制的。
在2010年轰动一时的“海南毒豇豆”事件中，因普通农药不易杀死钻进豇豆里面的害虫，为确保生产，农户便冒险违规喷洒水胺硫磷，受污染的海南毒豇豆是反季节蔬菜。
正常阳光下光合作用的蔬菜，富含各种维生素包括钙质。而大棚反季蔬菜营养为零。
大棚蔬菜
大棚蔬菜也分两种。
第一种是使用有机肥种植的反季节蔬菜，这种蔬菜无化学农药，有国家标准之内的土壤、水分、空气等生态环境，虽然违反了生命的自然生长状态，但至少是没有污染，无毒无害。相对来说，保全了一定的营养价值。
第二种是在大棚内使用化肥尤其是化学农药的蔬菜，这种蔬菜比大棚内的有机蔬菜可能颜色更新鲜，更水嫩诱人。但这种蔬菜，放下农药残留的多与少不说，由于使用化学农药制剂催生，无花期，无自然成果期，基本靠肥力，因为完全不尊重生命的自然规律，几年之后，其营养价值，几乎是零！
更何况，大棚内的反季节蔬菜是透过塑料薄膜或玻璃的阳光照射，第一年能保证有70%的阳光，两三年之后就只有30%左右，这就使得本来就营养价值所剩不多的蔬菜更加“缺乏营养”了。
大棚水果
而反季节水果的问题也不少。
个头硕大的草莓、鲜嫩欲滴的樱桃……市面上有许多反季节问题水果。
这些水果不但营养价值不高，还可能给身体带来很大危害，儿童尤其要谨慎食用，因为这些反季节水果很可能大量使用了激素。经常食用激素、催熟剂含量较高的反季节水果，对正处于生长发育阶段的少年儿童来说存在极大隐患，女孩会出现初潮提前等性早熟现象，而男孩则会导致性特征不明显等问题。
从种植角度讲，反季节水果本身是不应该有任何危害的，它们一般在温室或大棚里生长，并不需要使用激素。但为了增加产量，有些不法果农就经常过量使用植物生长调节剂等激素。这些激素可以促进果实发育、生长和早熟，并可增产20%左右。
“催”出来的反季节水果，虽然颜色可人，但里面的果肉还未成熟，看上去像好吃，但实际吃到嘴中不但尝不到香甜的鲜味，而且水果中的营养成分也在“缩水”。
在这种情况下，消费者就要学会保护自己，尽量不吃反季节的果蔬。相较而言，应季蔬菜更加安全。
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