听说你需要在基因组标记特定基因

前言

前一段时间Immugent在读的文献中，老是见到各种在基因组中标记自己研究基因的图，感觉还不错，于是专门去学习了一下，今天就分享给大家。

这种操作最常见的就是在基因组中标记致癌基因的突变，我们知道正是因为一些关键基因的突变才引起恶性肿瘤的发生。而基因突变的种类有很多，但是大致来说无外乎缺失和扩增，一般情况下抑癌基因发生缺失和促癌基因产生扩增突变是肿瘤发生发展的重要因素，下面小编就来演示一些如何在人的基因组中标记目的基因的图标情况。

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代码实现

rm(list=ls())
#BiocManager::install("karyoploteR")
library(karyoploteR)#这是给出的扩增的目标基因所在的位置，可以同时标记很多个 

gains <- makeGRangesFromDataFrame(data.frame(chr=c("chr1", "chr5", "chr17", "chr22"), start=c(1, 1000000, 4000000, 1),                      end=c(5000000, 3200000, 80000000, 1200000)))#这是给出的缺失基因在基因组上的位置                

losses <- makeGRangesFromDataFrame(data.frame(chr=c("chr3", "chr9", "chr17"), start=c(80000000, 20000000, 1),                       end=c(170000000, 30000000, 25000000)))
kp <- plotKaryotype(genome="hg19")

首先呢，我们画出一个初始的人染色体分布图(也可以通过改变参数画别的物种)，不同颜色表示编码基因和非编码基因的分布。

图片

kpPlotRegions(kp, gains, col="#FFAACC")

接下来我们就对扩增基因进行标记，颜色为红色。

图片

kpPlotRegions(kp, losses, col="#CCFFAA") 

最后，我们再就对缺失基因进行标记，颜色为青色。 图片

我们还可以同时对其它基因改变情况进行标记，只要指定出基因在基因组位置信息即可。

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总结

这种对基因进行标记的方法可以很直观的看出那一条染色体改变最显著，如果基因数目多的话还可以看出它们在基因组上的分布规律。此外，如果你做的不是肿瘤，而是其它疾病模型，也可以用这种方式标记出这种疾病易感基因在基因组上的空间位置分布情况。