使用conda安装R

作者: 生信宝库 | 来源:发表于2021-11-28 15:21 被阅读0次

1. 创建R的环境

<pre data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`conda create -n R4.1.1

创建名为R4.1.1的环境(可以根据自己的喜欢命名,重点当然是好记啦)` </pre>

如果不知道conda支持哪些版本的R,可以从conda的网站中进行查询,输入r-base,选择自己想要下载的版本(如图)

图片

创建的过程中会显示创建目录的位置,Proceed ([y]/n)? 选择y即可,下图为环境创建成功后的结果:

图片

2. 激活新创建的环境

<pre data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">source activate R4.1.1 </pre>

环境激活后在左边会出现环境名: 图片

3. 安装指定的R版本

选中想要下载的R版本,随后点击进入该页面: 图片

页面中提供了一个或多个该软件下载的命令,可以根据自己的需求/配置进行选择:

图片

<pre data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`conda install -c conda-forge r-base

选择其中的一个命令进行运行即可` </pre>

运行结果如下:

图片

environment location后面就是R安装的位置,最后可以进入该路径调用R;且会安装一些常用的R包,可以根据自己的需求进行选择

最后出现done,就说明安装好了

~ 图片

4. 测试安装的软件

<pre data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`***/Tools/miniconda3/envs/R4.1.1/bin/R

从安装的环境中调用R` </pre>

图片

可以看到安装好的R是4.1.1版本,但是这里调用的是4.0.5版本

,也在网上搜索了一下,别人遇到的大部分都是conda的版本不够新,仔细一看在刚开始安装R的时候出现了一个WARNING,提示可以更新conda的版本:

图片

5. 更新软件包

<pre data-tool="mdnice编辑器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`conda update -n base conda

按照上面的提示进行conda的更新` </pre>

但是这个更新的过程太久了,一直都没有动静。我就让它一直运行着,今天就写到这里了,后面再更新啦~


Tips:整个流程除了可以安装R,其他的软件(只要conda能安装)都适用

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